Bandengröße im Gel schätzen

Eine Bandengröße im Gel schätzen

1. Miss, wie weit jede Leiterbande vom Loch gelaufen ist, in Millimetern auf einem Ausdruck oder in Pixeln auf einem Foto, und trage die Größen mit den Strecken ein.
2. Miss deine eigenen Banden genauso und trage ihre Strecken ein.
3. Die Größe jeder Bande wird von der angepassten Kurve abgelesen, mit dem R² der Anpassung.

Häufige Fragen

Wie funktioniert die Anpassung?

DNA wandert mit einer Geschwindigkeit, die mit dem Logarithmus ihrer Länge fällt, deshalb beschreibt eine Gerade über log10(Größe) gegen die Strecke fast das ganze Gel gut. Die gekrümmte Anpassung fügt ein quadratisches Glied hinzu, das den Bögen am oberen und unteren Ende des Gels folgt.

Von wo aus messe ich?

Von derselben Stelle bei jeder Bande, meist der Vorderkante, gemessen von der Unterkante des Lochs. Die Vorderkante einer Bande mit der Mitte einer anderen zu mischen ist die größte Fehlerquelle.

Kann ich in Pixeln messen?

Ja. Die Anpassung braucht nur, dass Leiter und eigene Banden in derselben Einheit gemessen sind, Pixel aus einem Gelfoto taugen also genauso wie Millimeter von einem Ausdruck. Achte darauf, dass das Foto gerade und nicht schräg aufgenommen ist.

Wie genau ist das?

Innerhalb des Bereichs der Leiter meist auf 5 bis 10 %. Außerhalb extrapoliert die Anpassung und kann deutlich danebenliegen, deshalb wird eine Bande, die weiter als die kleinste Leiterbande gelaufen ist, gekennzeichnet.

Warum ist mein R² niedrig?

Entweder wurde eine Strecke falsch eingetragen, das Gel ist schief gelaufen oder hat gelächelt, oder die Leitergrößen passen nicht zur aufgetragenen Leiter. Sieh zuerst die Extreme an; sie ziehen die Anpassung am stärksten.

Welche Leitergrößen soll ich eintragen?

Die, die auf dem Röhrchen stehen. Voreingestellt ist eine typische 1-kb-Leiter, aber Leitern unterscheiden sich je nach Anbieter, übernimm also die Größen aus deinem eigenen Produktblatt.