Le cercle
Une carte de plasmide dessine l'ADN circulaire comme un anneau, numéroté dans le sens des aiguilles d'une montre à partir de la position 1 en haut. La taille totale figure au centre, en paires de bases. Des flèches montrent les éléments et leur brin : celles qui tournent dans le sens horaire sont sur le brin supérieur.
Les éléments de presque tous les plasmides
- Origine de réplication (ori) : permet au plasmide de se copier dans l'hôte. Les origines pUC donnent des centaines de copies par cellule ; p15A et pSC101, moins.
- Marqueur de sélection : un gène de résistance, comme AmpR (ampicilline) ou KanR (kanamycine), pour que seules les cellules porteuses du plasmide poussent.
- Promoteur : là où démarre l'expression de l'insert, comme T7, lac, CMV ou EF-1α. Vérifiez qu'il fonctionne dans votre hôte.
- Site de clonage multiple (MCS) : une courte région remplie de sites de restriction uniques pour placer l'insert.
- Étiquettes et terminateurs : étiquettes His ou FLAG, et un terminateur après l'insert.
Sites de restriction
Les sites indiqués sur la carte sont en général les sites uniques, qui ne coupent le plasmide qu'une fois. Pour cloner, choisissez deux sites uniques du MCS qui ne coupent pas aussi dans l'insert. Le Résumé de restriction liste les coupeurs uniques de n'importe quelle séquence, et la Carte de restriction montre où ils se trouvent.
Voir votre propre plasmide
Collez un fichier GenBank dans le Visualiseur de cartes de plasmides pour dessiner ses éléments et ses sites.