Visualiseur de carte de plasmide

Comment dessiner une carte de plasmide

1. Collez un fichier GenBank ou EMBL : ceux d’Addgene, SnapGene, Benchling ou du NCBI conviennent tous.
2. La carte circulaire apparaît avec chaque élément en flèche, et le tableau des éléments en dessous.
3. Choisissez les sites de restriction à afficher, puis téléchargez la carte en SVG.

Questions fréquentes

Quels fichiers puis-je utiliser ?

GenBank (.gb, .gbk) et EMBL, c’est-à-dire ce qu’exportent Addgene, SnapGene, Benchling et le NCBI. La séquence seule ne suffit pas : les éléments doivent figurer dans le fichier pour qu’il y ait quelque chose à dessiner.

Pourquoi certains éléments manquent-ils ?

L’élément source est écarté parce qu’il couvre tout le plasmide, et tout ce qui n’a pas de position exploitable est ignoré. Ce qui a été dessiné figure dans le tableau, vous voyez donc ce que l’outil a lu.

Que signifient les flèches ?

Chaque flèche est un élément et pointe dans son sens de lecture. Les éléments qui se chevauchent passent sur des anneaux intérieurs pour rester lisibles, et les couleurs suivent l’usage : bleu pour les séquences codantes, vert pour les promoteurs, rouge pour les terminateurs, violet pour les origines, orange pour les sites d’amorce.

Pourquoi seulement les sites uniques par défaut ?

Parce que ce sont ceux dans lesquels on peut réellement cloner. Afficher tous les sites d’un plasmide de 5 kb donne des centaines d’étiquettes et n’apprend rien.

Puis-je retoucher la carte ensuite ?

Oui. Le SVG téléchargé est fait de formes et de textes réels : Inkscape, Illustrator et Figma l’ouvrent, et vous pouvez déplacer des étiquettes ou changer des couleurs pour une figure.

Ma séquence est-elle envoyée ?

Non. Tout fonctionne dans votre navigateur : vos séquences ne quittent jamais votre appareil.