Recherche de guides CRISPR
Comment trouver des guides CRISPR
- Collez l’ADN que vous voulez couper, en texte brut ou en FASTA.
- Choisissez la nucléase et son PAM, ou saisissez le vôtre, et fixez la longueur du guide.
- Fixez la plage de GC et choisissez d’écarter ou non les guides contenant une suite TTTT.
- Chaque guide est listé avec sa position, son brin, sa séquence, son PAM et sa teneur en GC. Copier le résultat ou Télécharger enregistre le résultat.
Questions fréquentes
Qu’est-ce qu’un PAM ?
Un court motif sur lequel la nucléase doit se poser à côté de sa cible. SpCas9 a besoin de NGG juste après les 20 nt du guide ; Cas12a a besoin de TTTV juste avant un guide plus long. Pas de PAM, pas de coupure.
Quelle teneur en GC viser ?
Entre 35 % et 75 % convient à la plupart des guides, et 40 % à 60 % est la plage habituelle. Un GC très faible se fixe mal et un GC très élevé augmente les coupures hors cible.
Pourquoi écarter les guides contenant TTTT ?
Une suite de quatre T ou plus peut servir de signal de terminaison au promoteur U6 utilisé pour exprimer le guide, et le sgRNA sort alors tronqué.
Que signifie la colonne de la graine ?
Le nombre d’autres endroits de la séquence collée où les mêmes 12 bases apparaissent à côté d’un PAM. Toute valeur supérieure à zéro signifie que le guide n’est pas unique, même dans cette séquence : vérifiez-le sur le génome entier avant de le commander.
L’outil cherche-t-il les hors-cibles dans le génome ?
Non. Il ne cherche que dans la séquence collée, car une recherche sur tout le génome demande le génome. Servez-vous-en pour faire une présélection, puis évaluez cette liste courte pour votre organisme.
Ma séquence est-elle envoyée ?
Non. Tout fonctionne dans votre navigateur : vos séquences ne quittent jamais votre appareil.