Pencari Pemandu CRISPR
Cara mencari pemandu CRISPR
- Tempel DNA yang ingin Anda potong, sebagai teks biasa atau FASTA.
- Pilih nuklease dan PAM-nya, atau tulis PAM sendiri, lalu tentukan panjang pemandu.
- Tentukan rentang GC dan apakah pemandu dengan deretan TTTT dibuang.
- Setiap pemandu ditampilkan dengan posisi, untai, sekuens, PAM, dan kandungan GC-nya. Salin hasil atau Unduh untuk menyimpan hasilnya.
Pertanyaan umum
Apa itu PAM?
Motif pendek yang harus ditempati nuklease di samping targetnya. SpCas9 memerlukan NGG tepat setelah 20 nt pemandu; Cas12a memerlukan TTTV tepat sebelum pemandu yang lebih panjang. Tanpa PAM tidak ada pemotongan.
Kandungan GC berapa yang dituju?
Antara 35 % dan 75 % cocok untuk sebagian besar pemandu, dan 40 % sampai 60 % adalah rentang yang biasa. GC yang sangat rendah mengikat lemah dan GC yang sangat tinggi menaikkan pemotongan di luar target.
Mengapa membuang pemandu dengan TTTT?
Deretan empat T atau lebih bisa bekerja sebagai sinyal terminasi bagi promotor U6 yang dipakai untuk mengekspresikan pemandu, sehingga sgRNA keluar terpotong.
Apa arti kolom benih?
Berapa banyak tempat lain pada sekuens yang Anda tempel memuat 12 basa yang sama di samping PAM. Angka di atas nol berarti pemandu itu tidak unik bahkan di dalam sekuens ini, jadi periksa terhadap seluruh genom sebelum memesannya.
Apakah alat ini memeriksa off-target di genom?
Tidak. Ia hanya mencari di dalam sekuens yang Anda tempel, karena pencarian seluruh genom memerlukan genomnya. Pakai alat ini untuk menyusun daftar pendek, lalu nilai daftar itu terhadap organisme Anda.
Apakah sekuens saya diunggah?
Tidak. Semuanya berjalan di browser Anda, jadi sekuens Anda tidak pernah meninggalkan perangkat.