Buscador de guías CRISPR
Cómo buscar guías CRISPR
- Pega el ADN que quieres cortar, como texto normal o en FASTA.
- Elige la nucleasa y su PAM, o escribe el tuyo, y fija la longitud de la guía.
- Fija el rango de GC y si quieres descartar las guías con un tramo TTTT.
- Cada guía aparece con su posición, su hebra, su secuencia, su PAM y su contenido en GC. Copiar resultado o Descargar guarda el resultado.
Preguntas frecuentes
¿Qué es un PAM?
Un motivo corto sobre el que la nucleasa tiene que apoyarse junto a su diana. SpCas9 necesita NGG justo después de los 20 nt de la guía; Cas12a necesita TTTV justo antes de una guía más larga. Sin PAM no hay corte.
¿Qué contenido en GC conviene?
Entre el 35 % y el 75 % sirve para la mayoría de las guías, y entre el 40 % y el 60 % es lo habitual. Un GC muy bajo une débilmente y un GC muy alto aumenta los cortes fuera de diana.
¿Por qué descartar las guías con TTTT?
Un tramo de cuatro o más T puede funcionar como señal de terminación para el promotor U6 con el que se expresa la guía, así que el sgRNA sale truncado.
¿Qué significa la columna de la semilla?
En cuántos otros puntos de la secuencia que has pegado aparecen las mismas 12 bases junto al PAM. Cualquier valor mayor que cero significa que la guía no es única ni dentro de esta secuencia, así que compruébala contra todo el genoma antes de pedirla.
¿Busca dianas fuera de diana en el genoma?
No. Solo busca en la secuencia que pegas, porque una búsqueda en todo el genoma necesita el genoma. Úsalo para hacer una preselección y después puntúa esa lista corta contra tu organismo.
¿Se sube mi secuencia?
No. Todo funciona en tu navegador, así que tus secuencias nunca salen de tu dispositivo.