CRISPR गाइड खोजक

CRISPR गाइड कैसे खोजें

1. जिस DNA को काटना है उसे चिपकाएँ, सादे टेक्स्ट में या FASTA में।
2. न्यूक्लिएज़ और उसका PAM चुनें, या अपना PAM लिखें, और गाइड की लंबाई तय करें।
3. GC की सीमा तय करें और यह भी कि TTTT वाले तार की गाइड हटानी हैं या नहीं।
4. हर गाइड अपने स्थान, रज्जुक, अनुक्रम, PAM और GC मात्रा के साथ दिखती है। नतीजा कॉपी करें या डाउनलोड करें से नतीजा सहेजें।

अक्सर पूछे जाने वाले सवाल

PAM क्या है?

एक छोटा मोटिफ़ जिस पर न्यूक्लिएज़ को अपने लक्ष्य के पास बैठना पड़ता है। SpCas9 को 20 nt गाइड के ठीक बाद NGG चाहिए; Cas12a को उससे लंबी गाइड के ठीक पहले TTTV चाहिए। PAM नहीं, तो कटाई नहीं।

GC मात्रा कितनी रखें?

35 % से 75 % के बीच ज़्यादातर गाइड के लिए चलता है, और 40 % से 60 % आम तौर पर सबसे अच्छा रहता है। बहुत कम GC कमज़ोर जुड़ता है और बहुत ज़्यादा GC लक्ष्य के बाहर कटाई बढ़ा देता है।

TTTT वाली गाइड क्यों हटाएँ?

चार या ज़्यादा T का तार उस U6 प्रोमोटर के लिए समाप्ति संकेत की तरह काम कर सकता है जिससे गाइड अभिव्यक्त होती है, जिससे sgRNA अधूरी बनती है।

सीड वाला खाना क्या बताता है?

आपके चिपकाए अनुक्रम में और कितनी जगहों पर PAM के पास वही 12 क्षार हैं। शून्य से ऊपर कुछ भी होने का मतलब है कि गाइड इसी अनुक्रम में भी अनन्य नहीं है, इसलिए ऑर्डर करने से पहले उसे पूरे जीनोम के सामने जाँच लें।

क्या यह जीनोम में ऑफ़-टारगेट खोजता है?

नहीं। यह सिर्फ़ उसी अनुक्रम में खोजता है जो आप चिपकाते हैं, क्योंकि पूरे जीनोम की खोज के लिए जीनोम चाहिए। इससे छोटी सूची बनाएँ और फिर उस सूची को अपने जीव के हिसाब से आँकें।

क्या मेरा अनुक्रम अपलोड होता है?

नहीं। सब कुछ आपके ब्राउज़र में चलता है, इसलिए आपके अनुक्रम कभी आपके डिवाइस से बाहर नहीं जाते।