円の見方
プラスミドマップは環状DNAを円で描き、上端の1番から時計回りに番号を振ります。中央には全長が塩基対で書かれます。矢印はフィーチャーとその鎖を示し、時計回りの矢印は上側の鎖にあります。
ほとんどのプラスミドにある部品
- 複製起点（ori）：宿主の中でプラスミドを複製させます。pUC系の起点は細胞あたり数百コピー、p15AやpSC101はそれより少なくなります。
- 選択マーカー：AmpR（アンピシリン）やKanR（カナマイシン）などの耐性遺伝子で、プラスミドを持つ細胞だけが増えます。
- プロモーター：T7、lac、CMV、EF-1αなど、インサートの発現が始まる場所です。使う宿主で働くか確認してください。
- マルチクローニングサイト（MCS）：インサートを入れるためのユニークな制限酵素サイトが集まった短い領域です。
- タグとターミネーター：HisタグやFLAGタグ、インサートの後のターミネーター。
制限酵素サイト
マップに載っているサイトはたいていプラスミドを1か所だけ切るユニークサイトです。クローニングでは、MCSのユニークサイトのうちインサートの中を切らないものを2つ選びます。制限酵素サマリーで任意の配列の1か所切断酵素を一覧にし、制限酵素地図で位置を確認できます。
自分のプラスミドを見る
GenBankファイルをプラスミドマップ表示に貼り付けると、フィーチャーとサイトをマップとして描けます。