CpG est plus rare qu'il ne devrait
CpG désigne une cytosine suivie d'une guanine sur le même brin (le p est le phosphate entre elles). Dans une séquence aléatoire à 40 % de GC, CpG devrait apparaître une fois tous les 25 dinucléotides, mais dans la majeure partie du génome humain on le trouve environ cinq fois moins souvent. Les cytosines méthylées des CpG mutent en thymine au fil de l'évolution, si bien que CpG a été perdu peu à peu partout, sauf dans les régions restées non méthylées.
Ce qu'est un îlot CpG
Un îlot CpG est un segment où CpG est aussi fréquent que le hasard le prédit. Les critères habituels, de Gardiner-Garden et Frommer (1987) :
- au moins 200 pb de long,
- taux de GC supérieur à 50 %,
- rapport CpG observé/attendu supérieur à 0,6, avec attendu = (nombre de C × nombre de G) ÷ longueur.
Des critères plus stricts (Takai et Jones, 2002 : 500 pb, 55 % de GC, rapport 0,65) excluent les répétitions Alu, qui passeraient sinon. Environ 60 % des gènes humains, dont presque tous les gènes de ménage, ont un îlot CpG à leur promoteur.
Pourquoi ils comptent
Les îlots CpG des promoteurs sont normalement non méthylés et le gène est ouvert à la transcription. Quand un îlot se méthyle, le gène est réduit au silence ; c'est ainsi que de nombreux suppresseurs de tumeurs sont éteints dans le cancer, et ainsi que fonctionnent l'empreinte parentale et l'inactivation du X. Trouver les îlots d'une séquence est la première étape pour choisir des régions de séquençage au bisulfite ou de PCR spécifique de la méthylation.
Balayer une séquence
- Collez la séquence dans Recherche d’îlots CpG.
- Réglez la fenêtre (200 pb est la norme), le GC % minimal et le rapport observé/attendu minimal.
- L'outil fait glisser la fenêtre le long de la séquence et signale chaque région qui satisfait aux seuils, avec sa position, sa longueur, son GC % et son rapport.
Les fenêtres retenues qui se chevauchent sont fusionnées en un seul îlot. Vérifiez les résultats limites avec les critères stricts avant de vous y fier.
Outils associés
Statistiques d’ADN donne le taux de GC et les comptes de dinucléotides de toute la séquence, et Rechercher un motif dans l’ADN liste chaque position de CG.