CpG é mais raro do que deveria
CpG é uma citosina seguida de uma guanina na mesma fita (o p é o fosfato entre elas). Numa sequência aleatória com 40% de GC, CpG deveria aparecer uma vez a cada 25 dinucleotídeos, mas na maior parte do genoma humano aparece cerca de cinco vezes menos. Citosinas metiladas em CpG mutam para timina ao longo da evolução, então CpG foi se perdendo em toda parte, exceto nas regiões que permaneceram sem metilação.
O que é uma ilha CpG
Uma ilha CpG é um trecho em que CpG é tão comum quanto o acaso prevê. Os critérios usuais, de Gardiner-Garden e Frommer (1987):
- pelo menos 200 pb de comprimento,
- conteúdo de GC acima de 50%,
- razão CpG observado/esperado acima de 0,6, em que esperado = (número de C × número de G) ÷ comprimento.
Critérios mais rígidos (Takai e Jones, 2002: 500 pb, 55% de GC, razão 0,65) excluem repetições Alu, que de outro modo passariam. Cerca de 60% dos genes humanos, incluindo quase todos os genes de manutenção, têm uma ilha CpG no promotor.
Por que importam
Ilhas CpG de promotores normalmente não estão metiladas e o gene fica aberto à transcrição. Quando uma ilha é metilada, o gene é silenciado; é assim que muitos supressores de tumor são desligados no câncer e assim funcionam o imprinting e a inativação do X. Encontrar ilhas numa sequência é o primeiro passo para escolher regiões para sequenciamento com bissulfito ou PCR específica para metilação.
Varrendo uma sequência
- Cole a sequência no Localizador de ilhas CpG.
- Defina a janela (200 pb é o padrão), o GC % mínimo e a razão observado/esperado mínima.
- A ferramenta desliza a janela pela sequência e relata cada região que atende aos limites, com posição, comprimento, GC % e razão.
Janelas aprovadas que se sobrepõem são unidas em uma ilha. Confira resultados no limite com os critérios rígidos antes de confiar neles.
Ferramentas relacionadas
Estatísticas de DNA dá o conteúdo de GC e as contagens de dinucleotídeos da sequência inteira, e Buscar padrão em DNA lista todas as posições de CG.