CpG যতটা থাকার কথা তার চেয়ে বিরল
CpG মানে একটি সূত্রক ধরে একটি সাইটোসিন আর তার পরেই একটি গুয়ানিন (p হলো তাদের মাঝের ফসফেট)। 40% GC-র একটি এলোমেলো ধারায় প্রতি 25টি ডাইনিউক্লিওটাইডে একবার CpG দেখা দেওয়ার কথা, কিন্তু মানুষের জিনোমের বেশিটাতেই তা প্রায় পাঁচ গুণ কম পাওয়া যায়। CpG-তে মিথাইল বসা সাইটোসিন বিবর্তনের সময় ধরে থাইমিনে মিউটেট হয়, তাই যে অংশগুলো মিথাইল ছাড়া থেকে গেছে সেগুলো ছাড়া সবখানেই CpG ধীরে ধীরে হারিয়ে গেছে।
একটি CpG দ্বীপ কী
একটি CpG দ্বীপ হলো এমন একটি টান, যেখানে CpG আকস্মিকতা যতটা বলে ততটাই চলতি। চলতি শর্তগুলো, গার্ডিনার-গার্ডেন আর ফ্রোমার (1987) থেকে:
- অন্তত 200 bp লম্বা,
- GC-র পরিমাণ 50%-র ওপরে,
- দেখা-ও-আশা করা CpG-র অনুপাত 0.6-র ওপরে, যেখানে আশা করা = (C-র সংখ্যা × G-র সংখ্যা) ÷ দৈর্ঘ্য।
আরও কড়া শর্ত (তাকাই আর জোন্স, 2002: 500 bp, 55% GC, অনুপাত 0.65) Alu পুনরাবৃত্তি বাদ দিয়ে দেয়, যা নইলে পার হয়ে যায়। মানুষের প্রায় 60% জিনের, প্রায় সব ঘরকন্নার জিনসহ, তাদের প্রবর্তকে একটি CpG দ্বীপ আছে।
তাতে এসে যায় কেন
প্রবর্তকের CpG দ্বীপে সাধারণত মিথাইল বসে না আর জিনটি ট্রান্সক্রিপশনের জন্য খোলা থাকে। একটি দ্বীপে মিথাইল বসে গেলে জিনটি চুপ করে দেওয়া হয়, আর ক্যানসারে অনেক টিউমার দমনকারী এভাবেই বন্ধ হয়ে যায় আর ইমপ্রিন্টিং ও X নিষ্ক্রিয়করণ এভাবেই চলে। একটি ধারায় দ্বীপ খোঁজাই বাইসালফাইট সিকোয়েন্সিং কিংবা মিথাইলকরণ-নির্দিষ্ট PCR-র জন্য অংশ বাছার প্রথম ধাপ।
একটি ধারা খুঁজে দেখা
- ধারাটি CpG দ্বীপ খুঁজুন-এ সেঁটে দিন।
- জানালা (200 bp-ই চলতি), সবচেয়ে কম GC % আর সবচেয়ে কম দেখা/আশা করা অনুপাত বসান।
- সরঞ্জামটি জানালাটি ধারা ধরে পিছলে নিয়ে যায় আর সীমা মেনে চলা প্রতিটি অংশই তার অবস্থান, দৈর্ঘ্য, GC % আর অনুপাতসহ জানায়।
যে জানালাগুলো পার হয় আর একটির ওপরে আরেকটি পড়ে সেগুলো একটিই দ্বীপে মিশিয়ে দেওয়া হয়। সীমানায় থাকা ফলগুলোর ওপরে ভরসা করার আগে আরও কড়া সেটিংসে সেগুলো দেখে নিন।
পাশের সরঞ্জাম
DNA-র পরিসংখ্যান একটি গোটা ধারার GC-র পরিমাণ আর ডাইনিউক্লিওটাইডের গোনা দেয়, আর DNA-তে প্যাটার্ন খুঁজুন প্রতিটি CG-র অবস্থান সাজিয়ে দেয়।