রূপগুলো
- FASTA হলো > দিয়ে শুরু হওয়া একটি শিরোনামের লাইন, আর তার পরে ধারাটি। প্রায় প্রতিটি প্রোগ্রামই তা পড়ে।
- GenBank নথিতে, NCBI থেকে, থাকে একটি মাথা, জিন আর অন্য অংশ বর্ণনা করা একটি FEATURES ছক, আর ORIGIN-র পরে ধারাটি, শেষে // দিয়ে।
- EMBL নথি, ENA থেকে, একই কথা ধরে রাখে প্রতিটি লাইনের শুরুতে দুই-অক্ষরের একটি সংকেত দিয়ে, আর ধারাটি SQ-র পরে।
পুরো ধারাটি বদলে নিন
- GenBank থেকে FASTA খুলুন, কিংবা EMBL ফাইলের জন্য EMBL থেকে FASTA।
- নথিটি সেঁটে দিন, কিংবা একটির পর একটি কয়েকটি।
- FASTA-টি নকল করে নিন বা নামিয়ে নিন। অ্যাকসেশন আর বিবরণ হয়ে যায় শিরোনামের লাইন।
একটি জিন বের করুন
একটি জিনোমের নথি হাজার হাজার বৈশিষ্ট্য ধরে রাখতে পারে। GenBank বৈশিষ্ট্য বের করুন আপনার বেছে নেওয়া প্রতিটি CDS, জিন, rRNA কিংবা অন্য বৈশিষ্ট্যের DNA নিজের একটি FASTA ভুক্তি হিসেবে লেখে। এক্সনে ভাগ হওয়া জিনের জন্য তা join() আর অন্য সূত্রকের জিনের জন্য complement() মেনে চলে, তাই ধারাটি ঠিক ক্রমে আর ঠিক মুখ করে বেরোয়।
প্রোটিনটি নিন
সংকেতী ধারার ক্ষেত্রে প্রোটিনটি সাধারণত নথিতেই লেখা থাকে, /translation বিশেষকে। GenBank অনুবাদ বের করুন ওই প্রোটিনগুলোকে FASTA হিসেবে সাজিয়ে দেয়, নতুন করে কিছু অনুবাদ না করেই।
যা বদলায়
একটি GenBank নথিতে ধারাটি ORIGIN-র পরে দশটি বেসের নম্বর দেওয়া থাকে থাকে জমানো থাকে:
ORIGIN
1 atggtgagca agggcgagga gctgttcacc ggggtggtgc
//FASTA-তে সংখ্যা আর ফাঁক সরিয়ে দেওয়া হয় আর বেসগুলো একটি শিরোনামের লাইনের নিচে একটিই সুতোয় জোড়া হয়:
>নথি থেকে শিরোনাম
atggtgagcaagggcgaggagctgttcaccggggtggtgcচেনা সমস্যা
- ছোট হাতের অক্ষর। GenBank বেস লেখে ছোট হাতের অক্ষরে। বেশির ভাগ প্রোগ্রাম বড়-ছোট হাতের অক্ষর অগ্রাহ্য করে, তবে কিছু জিনোমের সরঞ্জাম ছোট হাতের অক্ষরকে “ঢাকা” পুনরাবৃত্তি হিসেবেই ধরে। একটি প্রোগ্রামের দরকার হলে বড় হাতের অক্ষরে বদলে নিন।
- আংশিক বৈশিষ্ট্য।
<1..>500-র মতো একটি অবস্থান মানে জিনটি নথির প্রান্ত পেরিয়েও চলতে থাকে, তাই বের করা ধারাটি অসম্পূর্ণ। - একসঙ্গে সাঁটা কয়েকটি নথি। প্রতিটি নথি, যা //-তে শেষ হয়, তার নিজের একটি FASTA ভুক্তি হয়ে যায়। একটি বাদ পড়া // দুটি নথিকে একটিতে মিশিয়ে দেয়।