Toolyard

DNA আর প্রোটিনের ধারার পরিসংখ্যান বুঝে নিন

GC-র পরিমাণ

GC-র পরিমাণ হলো যে বেসগুলো G কিংবা C তাদের ভাগ: (G + C) ÷ দৈর্ঘ্য। ATGCGC-তে 6-র মধ্যে 4, অর্থাৎ 66.7%। G–C জোড়ার দুটির বদলে তিনটি হাইড্রোজেন বন্ধন থাকে, তাই GC-তে ভরা DNA বেশি তাপমাত্রায় গলে, যা PCR-র প্রাইমার আর প্রোবে এসে যায়। DNA-র পরিসংখ্যান বেসের গোনা, GC আর AT-র পরিমাণ আর ডাইনিউক্লিওটাইডের গোনা দেয়।

আণবিক ভর

দুই-সূত্রক DNA-র একটি চটজলদি আন্দাজ হলো প্রতি বেস জোড়ায় প্রায় 650 ডালটন, আর প্রোটিনে প্রতি অ্যামিনো অ্যাসিডে প্রায় 110 ডালটন। DNA-র আণবিক ভর আর প্রোটিনের আণবিক ভর সরঞ্জাম বদলে প্রতিটি বেস কিংবা অবশেষের নির্দিষ্ট ভরই যোগ করে।

সমতড়িৎ বিন্দু

সমতড়িৎ বিন্দু (pI) হলো সেই pH, যেখানে একটি প্রোটিনের কোনো নিট আধান থাকে না। তা আন্দাজ করা হয় অ্যাসিডীয় আর ক্ষারীয় অবশেষের সংখ্যা আর প্রত্যেকটির pKa থেকে। pKa-র আলাদা আলাদা গুচ্ছ কয়েক দশমাংশ তফাতের উত্তর দেয়, তাই ফলটিকে একটি পথনির্দেশ হিসেবেই ধরুন, যেমন আয়ন-বিনিময় ক্রোমাটোগ্রাফির জন্য একটি বাফার বাছার সময়। প্রোটিনের সমতড়িৎ বিন্দু যেকোনো pH-এ আধানও দেয়।

GRAVY

জলপ্রিয়তার মহাগড় হলো সব অবশেষের কাইট–ডুলিটল জলপ্রিয়তার মানের গড়। ধনাত্মক মান মানে সবমিলিয়ে জলবিমুখ, ঋণাত্মক মান মানে জলপ্রিয়; পর্দার প্রোটিনের নম্বর দ্রবণীয়গুলোর চেয়ে বেশি হওয়ারই ঝোঁক। প্রোটিনের GRAVY ধারা ধরে প্রতিটি জানালার জন্যও একটি জলপ্রিয়তার মান দেয়, যেখানে প্রায় 20টি জলবিমুখ অবশেষের টান পর্দা-পেরোনো হেলিক্সের ইশারা দিতে পারে।

CpG দ্বীপ

CpG দ্বীপ হলো CG ডাইনিউক্লিওটাইডে ভরা টান, যা মেরুদণ্ডীতে প্রায়ই জিনের প্রবর্তকের কাছে থাকে। একটি চেনা সংজ্ঞা হলো অন্তত 200 বেসের একটি জানালা, যার GC-র পরিমাণ 50%-র ওপরে আর দেখা/আশা করা CpG-র অনুপাত 0.6-র ওপরে; CpG দ্বীপ খুঁজুন গোড়াতেই ওই সেটিংসই ব্যবহার করে।

কোডনের ব্যবহার

বেশির ভাগ অ্যামিনো অ্যাসিডের কয়েকটি কোডন আছে, আর জীবেরা কিছু কোডনকে অন্যগুলোর চেয়ে বেশি পছন্দ করে। একটি কোডন ব্যবহারের ছক দেখায় প্রত্যেকটি কত ঘন ঘন ব্যবহার হয়, প্রতি হাজার কোডনে আর তার সমার্থীদের মধ্যে ভাগ হিসেবে, যা একটি জিনকে অন্য একটি জীবে প্রকাশের জন্য মানিয়ে নেওয়ার সময় কাজে লাগে। দেখুন কোডনের ব্যবহার, আর অ্যামিনো অ্যাসিডের গড়নের জন্য প্রোটিনের পরিসংখ্যান।

এই গাইডের টুল

আরও গাইড

একটি DNA ধারার উল্টো পূরক কীভাবে বের করবেনDNA থেকে প্রোটিনে কীভাবে অনুবাদ করবেনGenBank থেকে FASTA-তে কীভাবে বদলাবেনএকটি DNA ধারায় রেস্ট্রিকশনের জায়গা কীভাবে খুঁজবেনদুটি DNA বা প্রোটিনের ধারা কীভাবে সারিবদ্ধ করবেনPCR প্রাইমার কীভাবে নকশা করবেন আর পরখ করবেনএকটি GenBank ফাইল কীভাবে পড়বেনএকটি প্লাজমিড ম্যাপ কীভাবে পড়বেনএকটি CRISPR গাইড RNA কীভাবে নকশা করবেনএকটি প্রবন্ধে অনলাইন সরঞ্জাম আর সফটওয়্যার কীভাবে উল্লেখ করবেনএকটি প্রোটিনের সমতড়িৎ বিন্দু কী?একটি কোডন ব্যবহারের ছক কীভাবে পড়বেনএকটি DNA ধারায় CpG দ্বীপ কীভাবে খুঁজবেনখোলা পাঠের ফ্রেম (ORF) কীভাবে খুঁজবেনGC-র পরিমাণ কীভাবে বের করবেনশতকরা অভিন্নতা আর সাদৃশ্য কীভাবে বের করবেন