DNA আর RNA ভাঁজ দর্শক
এই সিমুলেশনের সমীকরণ
| ΔG | ভাঁজের মুক্ত শক্তি (kcal/mol) | ঋণাত্মক মানে ভাঁজটি খোলা শিকলের চেয়ে বেশি স্থায়ী; ভিউয়ারটি সবচেয়ে কম ΔG-এর জোড়া, অর্থাৎ ন্যূনতম মুক্ত শক্তির কাঠামো খুঁজে বের করে | |
|---|---|---|---|
| ΔG_stack | একটির ওপর আরেকটি সাজানো প্রতিটি বেস জোড়ার শক্তি | নিয়ারেস্ট-নেইবার তালিকা থেকে: RNA-তে প্রতি স্ট্যাকে −0.9 থেকে −3.4 kcal/mol, DNA-তে −0.6 থেকে −2.2, GC-সমৃদ্ধ স্ট্যাকগুলো সবচেয়ে শক্ত; স্টেমকে এটিই ধরে রাখে | |
| ΔG_loop | প্রতিটি লুপের খরচ | ধনাত্মক: একটি হেয়ারপিন বন্ধ করতে 5 থেকে 6 kcal/mol লাগে, বাল্জে 3 থেকে 4, অন্তর্বর্তী লুপে 1 থেকে 3, সংযোগে 3.4; স্টেম কেবল তখনই হয় যখন তার স্ট্যাকের লাভ লুপের খরচের চেয়ে বেশি |
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
| T | তাপমাত্রা T (°C) | এই তাপমাত্রাতেই ভাঁজটি হিসাব করা হয়; তাপমাত্রা বাড়লে স্টেমগুলো গলে যায় | |
|---|---|---|---|
| ΔH | ভাঁজের এনথালপি | স্ট্যাক তৈরিতে যে তাপ বেরোয়, kcal/mol-এ | |
| ΔS | ভাঁজের এনট্রপি | শিকলটিকে লুপে বেঁধে যত স্বাধীনতা হারায়, cal/(mol·K)-এ; তাপমাত্রা যত বেশি, ভাঁজের বিরুদ্ধে এটি তত বেশি কাজ করে |
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
| T_m | ভাঁজের গলনাঙ্ক | যেখানে ΔG শূন্যে পৌঁছায় আর কাঠামোটি খুলে যায়; লেখচিত্র দেখায় তাপমাত্রার বিপরীতে ΔG ঠিক সেখানেই শূন্য ছাড়িয়ে যায় |
|---|
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
| n | লুপে জোড়া না বাঁধা বেসের সংখ্যা | বড় লুপের খরচ বেশি, তবে ধীরে বাড়ে, এটিই জ্যাকবসন–স্টকমেয়ার পদ; সবচেয়ে ছোট হেয়ারপিন লুপ 3 বেসের |
|---|
DNA আর RNA ভাঁজ দর্শকটি কীভাবে ব্যবহার করবেন
- একটি সূত্রকের সিকোয়েন্স সেঁটে দিন (200 বেস পর্যন্ত) আর RNA না DNA বেছে নিন। দর্শকটি সবচেয়ে কম মুক্ত শক্তির জোড়বাঁধাটি খুঁজে নিয়ে তা আঁকে: কাণ্ড দ্বৈত হেলিক্স হিসেবে, তাদের মাঝের ফাঁস বলয় হিসেবে, আর প্রতিটি বেস নিজের রঙে (A সবুজ, T বা U লাল, G নীল, C হলুদ)।
- ছবিটির নিচে গঠনটি বিন্দু-বন্ধনীর লেখায় পড়ে নিন, যেখানে মেলানো বন্ধনী মানে জোড়-বাঁধা বেস আর বিন্দু মানে জোড়-না-বাঁধা, সঙ্গে মুক্ত শক্তি, কতগুলো কাণ্ড ও হেয়ারপিন, আর গলনের তাপমাত্রা।
- তাপমাত্রা বাড়িয়ে দেখুন সবচেয়ে দুর্বল কাণ্ডগুলোই আগে খুলে আসে, যতক্ষণ না শিকলটি খোলা হয়ে যায়; লেখচিত্রটি দেখায় ভাঁজটির মুক্ত শক্তি তার গলন-বিন্দুতে শূন্য পার হয়ে যাচ্ছে। নিজের ওপরে ভাঁজ না হয়ে বরং নিজের পূরকের সঙ্গে জোড়-বাঁধা একটি প্রাইমারের জন্য গলনের তাপমাত্রা দেয় প্রাইমারের Tm-র হিসাব।
সাধারণ প্রশ্ন
ভাঁজটির আন্দাজ কীভাবে করা হয়?
mfold আর RNAfold-এর মতো প্রোগ্রাম যে নিকটতম-প্রতিবেশী মডেল ব্যবহার করে, তাই দিয়ে: পরেরটির ওপরে স্তূপ হয়ে বসা প্রতিটি বেস জোড় একটি মাপা শক্তি যোগ করে (G–C স্তূপে জোরালো ঋণাত্মক, A–U কিংবা A–T-তে দুর্বল), আর প্রতিটি ফাঁস তার ধরন আর মাপ অনুসারে শক্তি খরচ করায়। একটি ডায়নামিক-প্রোগ্রামিং খোঁজ প্রতিটি জোড়বাঁধাই চেষ্টা করে দেখে আর যেটির মোট সবচেয়ে কম তা রেখে দেয় — সর্বনিম্ন মুক্ত শক্তির গঠন। এখানের শক্তিগুলো প্রকাশিত RNA আর DNA টেবিল, একটি সরল করা স্তরে; একটি বিশেষ প্রোগ্রামের ফল খুঁটিনাটিতে আলাদা হবে, বিশেষ করে লম্বা সিকোয়েন্সে, আর কোনো গৌণ-গঠনের উপায়ই সিউডোনট বা G-চতুষ্কক আন্দাজ করতে পারে না।
অ্যাপটামার কী?
DNA বা RNA-র ছোট একটি টুকরো, সাধারণত 20 থেকে 80 বেস, যা এমন একটি আকারে ভাঁজ হওয়ার জন্য বেছে নেওয়া, যা একটি লক্ষ্য অণুকে অ্যান্টিবডির মতোই আঁটসাঁটভাবে বাঁধে। ভাঁজটিই তাকে কাজে লাগায়, তাই অ্যাপটামারের কাজ ঠিক এমন গঠনের আন্দাজ থেকেই শুরু হয়। আগে থেকে বসানো সিকোয়েন্সটি হলো থিওফাইলিন RNA অ্যাপটামার, যা তার ভেতরের ফাঁসে ওষুধটিকে বাঁধে।
বন্ধনীগুলোর মানে কী?
বিন্দু-বন্ধনীর লেখায় প্রতি বেসে একটি অক্ষর লেখা হয়: জোড়-না-বাঁধা বেসে একটি বিন্দু, আরও সামনের একটির সঙ্গে জোড়-বাঁধা বেসে একটি খোলা বন্ধনী, আর তার সঙ্গীর জন্য একটি বন্ধ বন্ধনী। ((((....)))) মানে চার জোড়ের একটি হেয়ারপিন, যার ফাঁস চার বেসের।
RNA ভাঁজ হয় কিন্তু DNA সাধারণত একটি দ্বৈত হেলিক্স কেন?
একক সূত্রক হলে দুটিই নিজের ওপরে ভাঁজ হতে পারে। কোষে DNA বেশির ভাগই তার পূরক সূত্রকের সঙ্গে জোড়-বাঁধা, তাই ভাঁজ হওয়ার মতো কোনো বেসই তার খোলা থাকে না, আর RNA একক সূত্রক হিসেবেই তৈরি হয় আর অনুলিপি হওয়ামাত্রই ভাঁজ হয়ে যায়। একক-সূত্রক DNA, যেমন একটি প্রাইমার বা একটি DNA অ্যাপটামার, RNA-র মতোই ভাঁজ হয়, কেবল কাণ্ডগুলো কিছুটা দুর্বল।
বলছে WebGL বন্ধ আছে।
3D দৃশ্যটির জন্য WebGL দরকার, যা আজকের প্রতিটি ব্রাউজারেই আছে। ব্রাউজারের সেটিংসে হার্ডওয়্যার ত্বরণ বন্ধ থাকলে, কিংবা গ্রাফিক্সের ড্রাইভার খুব পুরোনো হলে তা বন্ধ হয়ে থাকতে পারে। হার্ডওয়্যার ত্বরণ চালু করুন, কিংবা অন্য একটি ব্রাউজার দিয়ে দেখুন।
কিছু কি আপলোড হয়?
না। সিমুলেশনটি আপনার নিজের ব্রাউজারই WebGL দিয়ে আঁকে; কিছুই কোথাও পাঠানো হয় না, আর পাতাটি একবার লোড হয়ে গেলে তা অফলাইনেও চলতে থাকে।