জেল তড়িৎচলনের সিমুলেটর
এই সিমুলেশনের সমীকরণ
| V | ভোল্টেজ V (ভোল্ট) | DNA ঋণাত্মক আহিত, তাই এটি কালো ইলেকট্রোড (−) থেকে লালটির (+) দিকে চলে | |
|---|---|---|---|
| d | ইলেকট্রোডগুলোর মাঝের দূরত্ব | এই ট্যাঙ্কে 15 সেমি; আসল কথা ক্ষেত্র E, তাই লম্বা ট্যাঙ্কে বেশি ভোল্ট লাগে | |
| E | তড়িৎক্ষেত্র | সাধারণ একটি রানে প্রায় 5 থেকে 8 V/cm | |
| v | একটি ব্যান্ডের গতি | প্রতি ঘণ্টায় সেমিতে |
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
| μ₀ | মুক্ত দ্রবণে DNA-এর গতিশীলতা | 3 × 10⁻⁴ cm²/(V·s), প্রতিটি দৈর্ঘ্যের জন্যই একই, কারণ চার্জ ও ঘর্ষণ দুটোই দৈর্ঘ্যের সঙ্গে বাড়ে | |
|---|---|---|---|
| L | খণ্ডের দৈর্ঘ্য (bp) | জেল একটি চালুনি: লম্বা খণ্ডগুলো বেশি বাধা পায় | |
| T | আগারোজ T (% a/h) | ঘন জেলের ছিদ্র ছোট, তাই ছোট খণ্ড ভালো আলাদা করে আর বড়গুলো খারাপ | |
| L* | যে দৈর্ঘ্যে জেল গতি অর্ধেক করে দেয় | একটি অভিজ্ঞতালব্ধ ফিট; 1% জেলে প্রায় 20 kb-এর ওপরে প্রতিটি খণ্ড একই সীমা গতিতে চলে আর সবগুলো একটি ব্যান্ডে জমে যায় |
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
| a, b | স্ট্যান্ডার্ড লেখচিত্র | ল্যাডার ব্যান্ডগুলোতে ফিট করা একটি সরলরেখা; এর ওপর কোনো অজানা ব্যান্ড পড়লে তার আকার মেলে | |
|---|---|---|---|
| R² | রেখাটি কতটা ভালো ফিট করে | ওপরে বা নিচের দিকের ল্যাডার ব্যান্ড জেলের ভালো আলাদা করার সীমা ছাড়িয়ে গেলে এটি কমে |
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
| σ | একটি ব্যান্ডের প্রস্থ | ব্যান্ডটি কুয়োর মতো চওড়া হয়ে শুরু করে আর ব্যাপনে ছড়ায়; দীর্ঘ, ধীর রানে ব্যান্ড আরও ঝাপসা হয়, আর প্রায় 10 V/cm-এর ওপরে জুল উত্তাপে আরও বেশি ছড়িয়ে যায় |
|---|
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
| R | বাফারের রোধ | 1× TAE-তে একটি মিনি জেলের জন্য প্রায় 1.6 kΩ | |
|---|---|---|---|
| P | উত্তাপের ক্ষমতা | জেল ও বাফার গরম করে: বেশি হলে জেল হাসে (মাঝের লেনগুলো এগিয়ে যায়) বা গলে যায় |
এখনকার মানগুলো দিয়ে:
জেল তড়িৎচলনের সিমুলেটরটি কীভাবে ব্যবহার করবেন
- 1 নম্বর লেনে থাকে জানা মাপের একটি ল্যাডার, 2 নম্বরে একটি না-কাটা প্লাজমিড, 3 নম্বরে একবার কাটা প্লাজমিড, 4 নম্বরে দুটি এনজাইম দিয়ে কাটা প্লাজমিড, 5 নম্বরে একটি PCR উৎপাদ আর 6 নম্বরে আপনার লেখা যেকোনো মাপ। জেলটি সঙ্গে সঙ্গেই চলতে শুরু করে: DNA কালো তড়িৎদ্বার থেকে লালটির দিকে সরে, আর নীল লোডিং রংগুলো তার আগে আগে ছোটে।
- চলার সময় আর রঙের সামনের দিকটি দেখুন, আর ব্রোমোফেনল নীল প্রায় তিন-চতুর্থাংশ পথ নেমে এলে থামিয়ে দিন, ছোট টুকরোগুলো প্রান্ত ছাড়িয়ে বেরিয়ে যাওয়ার আগেই। অ্যাগারোজের শতাংশ বদলে দেখুন ঘন একটি জেল ছোট টুকরো আর লঘু একটি জেল বড় টুকরো আলাদা করে; দ্রুত চালাতে বিভব বাড়িয়ে দিন, আর প্রায় 10 V/cm ছাড়ালে জেল গরম হয়ে ব্যান্ডগুলো লেপটে যেতে আর হেসে যেতে দেখুন।
- ছবিটির নিচে ব্যান্ডের মাপ পড়ে নিন: সিমুলেশনটি ল্যাডারের ব্যান্ডে দূরত্বের বিপরীতে লগ মাপের একটি সরলরেখা বসিয়ে বাকি প্রতিটি ব্যান্ড তা থেকে পড়ে নেয়, আর কোনো ব্যান্ড ল্যাডারের বাইরে পড়লে একটি প্রশ্নচিহ্ন দেয়। লেখচিত্রটি ওই আদর্শ বাঁকটিই দেখায়। জেলটি ঢালতে অ্যাগারোজ জেলের হিসাব ব্যবহার করুন; আর একটি আসল জেল থেকে ব্যান্ডের মাপ বের করতে জেলের ব্যান্ডের মাপের আন্দাজ।
সাধারণ প্রশ্ন
DNA জেলের ভেতর দিয়ে সরে কেন?
তার ফসফেটের শিরদাঁড়া প্রতি বেসে একটি ঋণাত্মক আধান বয়ে নেয়, তাই একটি তড়িৎক্ষেত্রে DNA ধনাত্মক তড়িৎদ্বারের দিকে সরে। মুক্ত দ্রবণে আধান আর বাধা দুটিই দৈর্ঘ্যের সঙ্গে বাড়ে, তাই প্রতিটি টুকরোই একই গতিতে চলত; আলাদা করে দেয় অ্যাগারোজের জালটিই, যা ছোট অণুর চেয়ে লম্বা অণুকেই বেশি আটকে রাখে।
না-কাটা প্লাজমিড একটির বেশি ব্যান্ড দেয় কেন?
কোষ থেকে সোজা আসা একটি প্লাজমিড বেশির ভাগই অতি-কুণ্ডলিত, অর্থাৎ নিজের ওপরে আঁটসাঁটভাবে পাকানো, যা তাকে ছিমছাম করে আর একই দৈর্ঘ্যের সরলরৈখিক DNA-র আগে ছুটতে দেয়। যে প্লাজমিডের একটি সূত্রকে ভাঙা আছে, তা শিথিল হয়ে একটি খোলা বৃত্ত হয়ে যায়, যা জেলের ভেতর দিয়ে টেনে চলে আর পেছনে পড়ে থাকে। একবার কাটলে প্লাজমিডটি তার আসল দৈর্ঘ্যে একটিমাত্র সরলরৈখিক ব্যান্ড হয়ে যায়।
কোন অ্যাগারোজের শতাংশ নেব?
5 থেকে 20 kb-র টুকরোয় প্রায় 0.7%, 0.5 থেকে 10 kb-তে 1%, 0.2 থেকে 3 kb-তে 1.5%, আর 50 bp থেকে 1 kb-তে 2 থেকে 3%। লঘু একটি জেলে ছোট টুকরো একসঙ্গে ছোটে, আর ঘন একটি জেলে বড় টুকরো প্রায় ঢোকেই না। প্রায় 20 kb-র ওপরে একটি সাধারণ জেলে সব টুকরোই একই সীমা-গতিতে চলে আর একটিই ব্যান্ডে জমে ওঠে; তাদের জন্য পালসড-ফিল্ড জেল ব্যবহার হয়।
ল্যাডার থেকে একটি ব্যান্ডের মাপ পড়া কতটা নিখুঁত?
ব্যান্ডটি জেলের মাঝখানে ল্যাডারের দুটি ব্যান্ডের মাঝে পড়লে প্রায় 5 থেকে 10%-এর মধ্যে, কারণ ওখানে দূরত্বের সঙ্গে লগ মাপ প্রায় সরলরেখাতেই নামে। জেলের ওপরে-তলায় আর ল্যাডারের পরিসরের বাইরে তা খারাপ হয়ে যায়, আর অতি-কুণ্ডলিত বা ভাঙা প্লাজমিডের মাপ একটি সরলরৈখিক ল্যাডারের বিপরীতে আদৌ বের করা যায় না।
বলছে WebGL বন্ধ আছে।
3D দৃশ্যটির জন্য WebGL দরকার, যা আজকের প্রতিটি ব্রাউজারেই আছে। ব্রাউজারের সেটিংসে হার্ডওয়্যার ত্বরণ বন্ধ থাকলে, কিংবা গ্রাফিক্সের ড্রাইভার খুব পুরোনো হলে তা বন্ধ হয়ে থাকতে পারে। হার্ডওয়্যার ত্বরণ চালু করুন, কিংবা অন্য একটি ব্রাউজার দিয়ে দেখুন।
কিছু কি আপলোড হয়?
না। সিমুলেশনটি আপনার নিজের ব্রাউজারই WebGL দিয়ে আঁকে; কিছুই কোথাও পাঠানো হয় না, আর পাতাটি একবার লোড হয়ে গেলে তা অফলাইনেও চলতে থাকে।