প্রোটিন সংশ্লেষণের সিমুলেটর: অনুলিপি আর অনুবাদ

প্রোটিন সংশ্লেষণের সিমুলেটরটি কীভাবে ব্যবহার করবেন

1. একটি জিন বেছে নিন কিংবা নিজের DNA লিখুন (কোডিং সূত্রক, 5′ থেকে 3′)। RNA পলিমারেজ দ্বৈত হেলিক্স খুলে তা বরাবর মেসেঞ্জার RNA গড়ে তোলে, যার সিকোয়েন্স কোডিং সূত্রকের মতোই, কেবল T-র জায়গায় U। তারপর একটি রাইবোজোম প্রথম AUG খুঁজে নিয়ে mRNA একবারে তিনটি বেস করে পড়ে; প্রতিটি ট্রান্সফার RNA তার কোডনের অ্যামিনো অ্যাসিড এনে দেয়, আর একটি স্টপ কোডন আসা পর্যন্ত শিকলটি বেড়ে চলে।
2. ফলে দেখানো হয় mRNA, শুরুর কোডন থেকে কোডনগুলো, এক- ও তিন-অক্ষরের কোডে প্রোটিনটি আর তার ভর। একটি মিউটেশন ঘটান: একটি প্রতিস্থাপন, একটি ঢোকানো বা একটি সরানো, তার অবস্থান আর নতুন বেস বেছে নিন। সিমুলেশনটি দুটি প্রোটিন মিলিয়ে দেখে ফলটির নাম বলে দেয়: নীরব, মিসসেন্স, ননসেন্স, ফ্রেমশিফট, শুরুর কোডন হারানো কিংবা স্টপ হারানো। β-গ্লোবিনে 20 নম্বর বেসে T-তে একটি প্রতিস্থাপনই সিকল-সেলের মিউটেশন।
3. লেখচিত্রটি আসল আর মিউটেট হওয়া প্রোটিনের জলপ্রিয়তা অবশিষ্টক ধরে ধরে আঁকে; একটি ফ্রেমশিফট মিউটেশনের পরের সবকিছুই এলোমেলো করে দেয়। কোন জিনটি চলবে — আসল না মিউটেট হওয়া — আর কত গতিতে, তা বেছে নিন। লম্বা সিকোয়েন্স ছয়টি পঠন-ফ্রেমেই সামলায় DNA থেকে প্রোটিনে অনুবাদ আর ORF খুঁজুন।

সাধারণ প্রশ্ন

অনুলিপি আর অনুবাদ কী?

অনুলিপি একটি জিনের DNA-কে মেসেঞ্জার RNA-তে নকল করে, যা বানায় RNA পলিমারেজ, টেমপ্লেট সূত্রক পড়ে। অনুবাদ mRNA-কে প্রোটিনে বদলে দেয়: একটি রাইবোজোম তা কোডন ধরে ধরে, একবারে তিনটি বেস করে পড়ে, আর ট্রান্সফার RNA মেলানো অ্যামিনো অ্যাসিড এনে দেয়। ব্যাকটেরিয়ায় দুটিই সাইটোপ্লাজমে একসঙ্গেই হয়; ইউক্যারিওটে mRNA আগে নিউক্লিয়াসেই তৈরি ও প্রক্রিয়া করা হয়।

কতগুলো কোডন আছে?

চারটি বেস একবারে তিনটি করে নিলে হয় 4³ = 64টি কোডন। একষট্টিটি 20টি অ্যামিনো অ্যাসিড কোড করে, তাই বেশির ভাগ অ্যামিনো অ্যাসিডের কয়েকটি কোডন আছে, আর তিনটি (UAA, UAG, UGA) স্টপ কোডন। AUG মিথিওনিন কোড করে আর অনুবাদ কোথায় শুরু হবে তাও চিহ্নিত করে।

মিসসেন্স, ননসেন্স আর ফ্রেমশিফট মিউটেশনের মধ্যে তফাত কী?

একটি মিসসেন্স মিউটেশন একটি কোডনকে অন্য একটি অ্যামিনো অ্যাসিডে বদলে দেয়, যেমন সিকল-সেল রোগে GAG হয়ে যায় GTG আর গ্লুটামেট হয়ে যায় ভ্যালিন। একটি ননসেন্স মিউটেশন একটি কোডনকে একটি স্টপে বদলে দেয় আর প্রোটিনটি আধখাওয়া রেখে দেয়। তিনের গুণিতক নয় এমন সংখ্যক বেস ঢোকানো বা সরানো থেকে হওয়া একটি ফ্রেমশিফট তার পরের প্রতিটি কোডনই বদলে দেয়। একটি নীরব মিউটেশন একটি কোডনকে একই অ্যামিনো অ্যাসিডের আরেকটি কোডনে বদলায়।

সিকল-সেলের মিউটেশন 7 নম্বর কোডন হলেও তাকে Glu6Val বলা হয় কেন?

রীতি অনুসারে হিমোগ্লোবিন প্রোটিনে অবস্থান গোনা হয় তৈরি-হওয়া শিকলের প্রথম অ্যামিনো অ্যাসিড থেকে, অর্থাৎ শুরুর মিথিওনিন সরিয়ে নেওয়ার পর। এই সিমুলেশনটি মিথিওনিন থেকেই গোনে, তাই ওই একই বদলটি এখানে E7V হিসেবে আসে।

বলছে WebGL বন্ধ আছে।

3D দৃশ্যটির জন্য WebGL দরকার, যা আজকের প্রতিটি ব্রাউজারেই আছে। ব্রাউজারের সেটিংসে হার্ডওয়্যার ত্বরণ বন্ধ থাকলে, কিংবা গ্রাফিক্সের ড্রাইভার খুব পুরোনো হলে তা বন্ধ হয়ে থাকতে পারে। হার্ডওয়্যার ত্বরণ চালু করুন, কিংবা অন্য একটি ব্রাউজার দিয়ে দেখুন।

কিছু কি আপলোড হয়?

না। সিমুলেশনটি আপনার নিজের ব্রাউজারই WebGL দিয়ে আঁকে; কিছুই কোথাও পাঠানো হয় না, আর পাতাটি একবার লোড হয়ে গেলে তা অফলাইনেও চলতে থাকে।