কোডন
একটি প্রোটিন-সংকেতী ধারা পড়া হয় একবারে তিনটি বেস ধরে। প্রতিটি তিন-বেসের কোডন একটি অ্যামিনো অ্যাসিড বোঝায়, কিংবা থামা বোঝায়। ATG মেথিওনিনের সংকেত আর তাই সাধারণ শুরুর কোডন। আদর্শ সংকেতে TAA, TAG আর TGA হলো থামার কোডন। ATGGCTTAA অনুবাদ হয়ে দাঁড়ায় M A *, যেখানে * থামা বোঝায়।
ছয়টি পাঠের ফ্রেম
প্রথম, দ্বিতীয় কিংবা তৃতীয় বেস থেকে শুরু করলে একটি সূত্রকের তিনটি আলাদা অনুবাদ মেলে, আর উল্টো পূরক আরও তিনটি দেয়। ছয়টির সাধারণত একটিই আসল প্রোটিন। ঠিক ফ্রেমটি সাধারণত থামার কোডন ছাড়া একটি লম্বা টান, যাকে বলে খোলা পাঠের ফ্রেম।
একটি লম্বা ধারায় প্রোটিনটি খুঁজুন
- DNA-টি ORF খুঁজুন-এ সেঁটে দিয়ে একটি সবচেয়ে কম দৈর্ঘ্য বসান, যেমন 100 কোডন।
- দুটি সূত্রকেরই সবচেয়ে লম্বা খোলা পাঠের ফ্রেমগুলো দেখে নিন।
- যেটি চান তা DNA থেকে প্রোটিনে অনুবাদ-এ নকল করে নিয়ে কোডন ধরে ধরে দেখুন।
জিনগত সংকেত
বেশির ভাগ জীব আদর্শ সংকেতই ব্যবহার করে, সবাই নয়। মেরুদণ্ডীর মাইটোকনড্রিয়ায় TGA ট্রিপ্টোফ্যানের সংকেত আর AGA ও AGG থামা, আর কিছু ব্যাকটেরিয়া, ইস্ট ও সিলিয়েটের নিজেদের হেরফের আছে। মিলিয়ে NCBI জিনগত সংকেতটি বেছে নিন, নইলে একটি মাইটোকনড্রিয়ার জিন থামায় ভরা মনে হবে।
উল্টো দিকে যাওয়া
বেশির ভাগ অ্যামিনো অ্যাসিডের সংকেত দেয় কয়েকটি কোডন, তাই একটি প্রোটিন থেকে একটিই নির্দিষ্ট DNA ধারা মেলে না। উল্টো অনুবাদ সম্ভাবনাগুলো IUPAC সংকেতে লেখে, কিংবা একটি কোডন ব্যবহারের ছক থেকে সবচেয়ে ঘন কোডনটি নেয়।
একটি ধারা, তিনটি ফ্রেম
ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGA ধারাটি তার প্রথম তিনটি বেসের প্রত্যেকটি থেকে পড়া:
| ফ্রেম | কোডন | প্রোটিন |
|---|---|---|
| 1 | ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA | M A I V M G R * |
| 2 | TGG CCA TTG TAA TGG GCC GCT | W P L * W A A |
| 3 | GGC CAT TGT AAT GGG CCG CTG | G H C N G P L |
1 ফ্রেম ATG দিয়ে শুরু হয় আর একটি থামার কোডনে পরিষ্কারভাবে শেষ হয়, যা তাকেই সম্ভাব্য সংকেতী ফ্রেম হিসেবে দাগিয়ে দেয়।
চেনা সমস্যা
- প্রোটিনটি থামায় ভরা। ধারাটি ইন্ট্রনওয়ালা জিনোমের DNA হতে পারে। জিনোমে জিনটি যেমন বসে তেমনটি নয়, বদলে সংকেতী ধারা কিংবা mRNA-ই অনুবাদ করুন।
- প্রোটিনে X দেখা দিচ্ছে। একটি কোডনে N কিংবা অন্য একটি অস্পষ্টতার সংকেত আছে, তাই তার অ্যামিনো অ্যাসিড জানা যায় না।
- ব্যাকটেরিয়ার জিন ATG ছাড়াই শুরু হয়। ব্যাকটেরিয়া শুরুর কোডন হিসেবে GTG আর TTG-ও ব্যবহার করে। একটি জিনের শুরুতে সেগুলোও মেথিওনিনেরই সংকেত দেয়।
- একটি জানা প্রোটিনের ভেতরে একটি থামা বসে আছে। গুটিকয় প্রোটিন একটি UGA কোডনে সেলেনোসিস্টেইন ঢুকিয়ে দেয়, আর তা mRNA-র একটি বিশেষ গড়নের পথনির্দেশে। অনুবাদের সরঞ্জাম ওখানে একটি থামাই দেখায়।