উল্টো পূরকে কী এসে যায়
DNA-র দুটি সূত্রক চলে উল্টো দিকে। ধারা লেখা হয় 5′ থেকে 3′, তাই অন্য সূত্রকটি, তার নিজের 5′ থেকে 3′ দিকে পড়লে, হলো উল্টো পূরক। একটি উল্টো প্রাইমার নকশা করতে, মাইনাস সূত্রকে বসা একটি জিন পড়তে, কিংবা উল্টো সূত্রক থেকে আসা একটি সিকোয়েন্সিং পাঠের সঙ্গে মেলাতে তা দরকার হয়।
হাতে বের করুন
- প্রতিটি বেস তার সঙ্গীর সঙ্গে বদলে দিন: A ↔ T আর G ↔ C।
- ফলটি উল্টো দিক থেকে পড়ুন।
5′-ATGCCTAG-3′-র পূরক হলো TACGGATC আর উল্টো পূরক হলো 5′-CTAGGCAT-3′। পূরক না করে কেবল উল্টে দিলে পাওয়া যায় GATCCGTA, যা একটি আলাদা ধারা আর একটি চেনা ভুল।
অস্পষ্টতার সংকেত আর RNA
IUPAC সংকেতগুলোরও সঙ্গী আছে: R (A বা G) জোড়া বাঁধে Y (C বা T)-র সঙ্গে, K বাঁধে M-র সঙ্গে, আর B, D, H ও V জোড়া বাঁধে V, H, D ও B-র সঙ্গে। S, W আর N যেমন থাকে তেমনই থাকে। RNA-তে T-র জায়গা নেয় U।
ব্রাউজারেই করে নিন
- উল্টো পূরক খুলুন।
- একটি ধারা সেঁটে দিন, কিংবা FASTA রূপে অনেকগুলো।
- উল্টো পূরক, উল্টো কিংবা পূরক বেছে নিন। শিরোনাম, বড়-ছোট হাতের অক্ষর আর অস্পষ্টতার সংকেত রাখা হয়।
বদলে T-কে U করতে DNA থেকে RNA ব্যবহার করুন।
একটি উল্টো প্রাইমার নকশা করা
একটি উল্টো প্রাইমার আপনি যে অংশটি নকল করতে চান তার শেষে অন্য সূত্রকে জোড়া বাঁধে। ওপরের সূত্রকের শেষ 18 থেকে 25 বেস নিয়ে তাদের উল্টো পূরক নিন। অংশটি 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′-তে শেষ হলে উল্টো প্রাইমারটি 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′।
যে ধারা নিজেরই উল্টো পূরক
অনেক রেস্ট্রিকশনের জায়গা দুটি সূত্রকেই একই পড়া যায়। GAATTC, অর্থাৎ EcoRI-র জায়গা, পূরকে দাঁড়ায় CTTAAG, যা উল্টো দিক থেকে পড়লে আবার GAATTC। এমন প্যালিনড্রোমের জন্যই আপনি যে সূত্রকেই খুঁজুন একটি জায়গা একবারই দেখা দেয়।
চেনা সমস্যা
- ফলে সংখ্যা আর ফাঁক। GenBank কিংবা একটি প্রবন্ধ থেকে নকল করা ধারা অবস্থানের সংখ্যা আর ফাঁক বয়ে আনতে পারে। আগে সেগুলো সাফ করে নিন, কিংবা এমন একটি সরঞ্জাম নিন যা সেগুলো অগ্রাহ্য করে।
- উল্টো পূরক নয়, পূরকটি ফরমাশ দেওয়া। সাদামাটা পূরক হিসেবে ফরমাশ দেওয়া একটি প্রাইমার 3′ থেকে 5′ পড়া হয় আর তা কাজ করবে না। প্রাইমার সবসময়ই 5′ থেকে 3′ লিখুন আর ফরমাশ দিন।
- ছোট হাতের অক্ষর। ছোট হাতের বেস প্রায়ই পুনরাবৃত্তি কিংবা প্রাইমারের ল্যাজ দাগিয়ে দেয়; একটি ভালো সরঞ্জাম উল্টানোর সময় প্রতিটি বেসের বড়-ছোট হাতের অক্ষর ধরেই রাখে।