একটি প্লাজমিড ম্যাপ কীভাবে পড়বেন

বৃত্তটি

একটি প্লাজমিড ম্যাপ বৃত্তাকার DNA-টিকে একটি আংটি হিসেবে আঁকে, ওপরে 1 অবস্থান থেকে ঘড়ির কাঁটার দিকে নম্বর দিয়ে। মোট মাপটি মাঝখানে দেখানো হয়, বেস জোড়ায়। তির দেখায় বৈশিষ্ট্য আর তারা কোন সূত্রকে আছে: ঘড়ির কাঁটার দিকের তির ওপরের সূত্রকে।

বেশির ভাগ প্লাজমিডে যে অংশগুলো থাকে

• প্রতিলিপির ওরিজিন (ori): প্লাজমিডটিকে পোষকের ভেতরে নিজের নকল বানাতে দেয়। pUC ওরিজিন প্রতি কোষে শত শত অনুলিপি দেয়; p15A আর pSC101 কম দেয়।
• বাছাইয়ের মার্কার: একটি রোধের জিন, যেমন AmpR (অ্যাম্পিসিলিন) কিংবা KanR (কানামাইসিন), যাতে কেবল প্লাজমিডওয়ালা কোষই বাড়ে।
• প্রবর্তক: ইনসার্টের প্রকাশ যেখানে শুরু হয়, যেমন T7, lac, CMV কিংবা EF-1α। তা আপনার পোষকে কাজ করে কি না দেখে নিন।
• বহু ক্লোনিংয়ের জায়গা (MCS): একটি ছোট টান, যা আপনার ইনসার্ট ঢোকানোর জন্য একমেবাদ্বিতীয়ম রেস্ট্রিকশনের জায়গায় ঠাসা।
• ট্যাগ আর সমাপক: His কিংবা FLAG ট্যাগ, আর ইনসার্টের পরে একটি সমাপক।

রেস্ট্রিকশনের জায়গা

ম্যাপে দেওয়া জায়গাগুলো সাধারণত একমেবাদ্বিতীয়মগুলোই, যা প্লাজমিডটি একবারই কাটে। ক্লোন করতে MCS-এ এমন দুটি একমেবাদ্বিতীয়ম জায়গা বাছুন, যা আপনার ইনসার্টের ভেতরেও কাটে না। রেস্ট্রিকশনের সারসংক্ষেপ যেকোনো ধারায় একবার-কাটা এনজাইমের তালিকা দেয়, আর রেস্ট্রিকশন ম্যাপ দেখায় সেগুলো কোথায় পড়ে।

নিজের প্লাজমিডটি দেখুন

তার বৈশিষ্ট্য আর জায়গাগুলো একটি ম্যাপ হিসেবে আঁকতে একটি GenBank ফাইল প্লাজমিড ম্যাপ দর্শক-এ সেঁটে দিন।

একটি ইনসার্ট কোন দিকে ঢুকেছে তা দেখে নেওয়া

একটিমাত্র জায়গায় ক্লোন করা একটি ইনসার্ট যেকোনো দিকেই ঢুকতে পারে। ইনসার্টে একবার, কেন্দ্র থেকে সরে, আর ভেক্টরে একবার কাটে এমন একটি এনজাইম দিয়ে একটি পরখের কাটা দুটি আলাদা করে চিনিয়ে দেয়।

1,000 অবস্থানে একটি 1,000 bp ইনসার্টওয়ালা একটি 5,000 bp ভেক্টর নিন, তাই নতুন প্লাজমিডটি 6,000 bp। পরখের এনজাইমটি ভেক্টরটি এখন যা 3,000 অবস্থান তাতে কাটে, আর ইনসার্টটি এক প্রান্ত থেকে 200 bp-তে।

• একটি মুখে: ইনসার্টের জায়গাটি পড়ে 1,200-তে, যা 1,800 আর 4,200 bp টুকরো দেয়।
• অন্য মুখে: ইনসার্টের জায়গাটি পড়ে 1,800-তে, যা 1,200 আর 4,800 bp দেয়।

ইনসার্ট নেই এমন একটি প্লাজমিড একটিমাত্র 5,000 bp ব্যান্ড দেয়, কারণ এনজাইমটি তখন একবারই কাটে।

চেনা সমস্যা

• অবস্থান অন্য একটি ম্যাপের সঙ্গে মিলছে না। আলাদা আলাদা সূত্র একটি বৃত্তাকার প্লাজমিডে নম্বর দেওয়া আলাদা বিন্দু থেকে শুরু করে। কাঁচা অবস্থান নয়, বৈশিষ্ট্যই মিলিয়ে দেখুন।
• ম্যাপের একটি জায়গা কাটছে না। ম্যাপ প্রায়ই কেবল একমেবাদ্বিতীয়ম জায়গাগুলোই দেখায়, আর কিছু এনজাইম মিথাইলকরণে আটকে যায়। কেবল আঁকাটি নয়, ধারাটি নিজেই দেখে নিন।
• বৈশিষ্ট্যে ভুল নাম দেওয়া। গবেষণাগারে গবেষণাগারে হাত বদলানো ম্যাপ পুরোনো কিংবা ভুল টীকা বয়ে আনতে পারে। সেগুলোর ওপরে ভরসা করার আগে একটি প্লাজমিডের মূল অংশগুলোর ধারা বের করে নিন।