শতকরাটি বাছুন
শতকরা ঠিক করে দেয় জেলটি কোন মাপের DNA সবচেয়ে ভালো আলাদা করে। কম শতকরা বড় টুকরোর জন্য বড় ছিদ্র রেখে দেয়; বেশি শতকরা ছোটগুলো আলাদা করে দেখায়।
- 0.7%: প্রায় 0.8 থেকে 12 kb
- 1%: প্রায় 0.5 থেকে 10 kb, PCR উৎপাদ আর প্লাজমিডের চলতি পছন্দ
- 1.5%: প্রায় 0.2 থেকে 3 kb
- 2%: প্রায় 50 bp থেকে 2 kb
পরিমাণ বের করুন
একটি জেলের শতকরা মানে প্রতি 100 mL বাফারে অ্যাগারোজের গ্রাম: গ্রাম = % × আয়তন (mL) ÷ 100। একটি 50 mL, 1% জেলে লাগে 0.5 g। একটি স্টক থেকে বাফারটি 1×-এ বানান: প্রতি 50 mL-এ 50× TAE-র 1 mL, কিংবা 10× TBE-র 5 mL। ট্যাংকেও একই বাফার নিন।
জেলটি ঢালুন
- অ্যাগারোজ মেপে একটি ফ্লাস্কে নিয়ে 1× বাফারটি দিন।
- একটি মাইক্রোওয়েভে অল্প অল্প করে গরম করুন, মাঝে মাঝে ঘুরিয়ে, যতক্ষণ না দ্রবণটি পুরোপুরি পরিষ্কার হয়ে যায় আর ভাসমান কোনো দানা না থাকে। ভালোভাবে চোখ রাখুন: তা হঠাৎ উথলে পড়তে পারে।
- প্রায় 50 থেকে 60 °C পর্যন্ত ঠান্ডা হতে দিন, অর্থাৎ ফ্লাস্কটি ধরা যায় এমন ঠান্ডা।
- জেলেই রং করলে DNA-র রং দিন, ঘুরিয়ে নিন, আর চিরুনিটি বসানো অবস্থায় থালায় ঢেলে দিন।
- 20 থেকে 30 মিনিট জমতে দিন, তারপর চিরুনিটি সাবধানে তুলে নিন।
তা চালান
জেলটি ট্যাংকে এমনভাবে বসান যাতে কুয়োগুলো ঋণাত্মক (কালো) তড়িৎদ্বারের দিকে থাকে, কারণ DNA ধনাত্মক (লাল)-টির দিকে চলে, আর তা বাফারে ঢেকে দিন। নমুনাগুলো ভরার রঙের সঙ্গে মিশিয়ে একটি DNA মাপনীর পাশে ভরে দিন, আর তড়িৎদ্বারের মাঝে প্রতি cm-এ প্রায় 5 থেকে 8 ভোল্টে চালান, যতক্ষণ না রঙের সামনের ধারটি নিচের দিকে দুই-তৃতীয়াংশ পথ চলে যায়।
হিসাব
অ্যাগারোজ জেলের হিসাব যেকোনো শতকরা আর আয়তনের জন্য অ্যাগারোজ, বাফার, পানি আর রং দেয়। একটি বাঁধা পরিমাণ DNA ভরতে আগে তা মেপে নিন DNA-র ঘনমাত্রার হিসাব দিয়ে।