DNA-র অনুলিপি সংখ্যা কীভাবে বের করবেন

সূত্রটি

অনুলিপি = (ng-তে ভর × 6.022 × 10²³) ÷ (bp-তে দৈর্ঘ্য × 660 × 10⁹)

660 g/mol হলো দুই-সূত্রক DNA-র একটি বেস জোড়ার গড় ভর (এক-সূত্রক DNA-তে প্রতি বেসে প্রায় 330 আর RNA-তে 340), 6.022 × 10²³ হলো অ্যাভোগাদ্রো সংখ্যা আর 10⁹ ন্যানোগ্রামকে গ্রামে বদলে দেয়। অণুটি যত লম্বা, এক ন্যানোগ্রামে তত কম অনুলিপি ধরে।

একটি কষে দেখানো উদাহরণ

একটি 5,000 bp প্লাজমিডের 1 ng-এ কত অণু আছে?

1. মোলার ভর: 5,000 × 660 = 3.3 × 10⁶ g/mol।
2. মোল: 1 × 10⁻⁹ g ÷ 3.3 × 10⁶ g/mol = 3.03 × 10⁻¹⁶ mol।
3. অনুলিপি: 3.03 × 10⁻¹⁶ × 6.022 × 10²³ = 1.8 × 10⁸ অনুলিপি।

হাতের কাছে একটি নিয়ম: একটি 1 kb টুকরোর 1 ng মানে প্রায় 9 × 10⁸ অনুলিপি, আর 1 bp-র 1 ng হত 9 × 10¹¹, তাই bp-তে দৈর্ঘ্য দিয়ে ভাগ করুন।

অনুলিপি থেকে ভরে ফিরে

সাজিয়ে নিলে: ভর (ng) = অনুলিপি × দৈর্ঘ্য × 660 × 10⁹ ÷ 6.022 × 10²³। একই প্লাজমিডের 10⁶ অনুলিপিতে তা 10⁶ × 5,000 × 660 × 10⁹ ÷ 6.022 × 10²³ = 5.5 × 10⁻³ ng, অর্থাৎ 5.5 pg।

একটি qPCR আদর্শ বাঁক

পরম পরিমাপে জানা অনুলিপি সংখ্যার আদর্শ দরকার। প্লাজমিডের ঘনমাত্রা মেপে তা প্রতি µL-এ অনুলিপিতে বদলে নিন, তারপর ধরুন প্রতি µL-এ 10⁸ থেকে নামিয়ে 10² অনুলিপি পর্যন্ত দশ-গুণের ক্রমিক লঘুকরণ বানান। সেগুলো নমুনার পাশে চালান; লগ অনুলিপির বিপরীতে Ct-র একটি আঁকা −3.3-র কাছে ঢালের একটি সরলরেখা হওয়ার কথা (100% দক্ষতা)। অতিকুণ্ডলিতের চেয়ে সরলরেখা করা প্লাজমিড আরও নিখুঁত আদর্শ দেয়, আর tRNA কিংবা ইস্টের RNA-র মতো একটি বাহক কম-অনুলিপির লঘুকরণকে নলের দেয়ালে সেঁটে যাওয়া থেকে আটকায়।

হিসাব

DNA-র অনুলিপি সংখ্যার হিসাব যেকোনো দৈর্ঘ্যের DNA কিংবা RNA-র জন্য ন্যানোগ্রাম আর অনুলিপির মধ্যে বদলে দেয়। একটি A260 পাঠ থেকে ঘনমাত্রাটি নিন DNA-র ঘনমাত্রার হিসাব দিয়ে; পরম নয়, আপেক্ষিক পরিমাপের জন্য ΔΔCt-র হিসাব ব্যবহার করুন।