সূত্রটি
অলিগো আসে শুকনো অবস্থায়, আর nmol-এ পরিমাণটি নলের গায়ে কিংবা তথ্যপত্রে থাকে। µM-এ একটি স্টকের জন্য:
জোড়ার আয়তন (µL) = nmol × 1,000 ÷ ঘনমাত্রা (µM)
চলতি 100 µM স্টকের জন্য তা সরাসরি nmol × 10: 25.4 nmol-র একটি নলে লাগে 254 µL। পত্রে বদলে µg দেওয়া থাকলে nmol = µg × 1,000 ÷ আণবিক ভর।
ধাপে ধাপে
- বন্ধ নলটি অল্প সময় ঘুরিয়ে নিন, যাতে শুকনো পেলেটটি ঢাকনায় নয়, তলাতেই থাকে।
- কম-EDTA TE (10 mM Tris, 0.1 mM EDTA, pH 8) কিংবা নিউক্লিয়েজ-মুক্ত পানির বের করা আয়তনটি জুড়ে দিন।
- ভর্টেক্স করুন, ঘরের তাপমাত্রায় কয়েক মিনিট রেখে দিন, আবার ভর্টেক্স করে ঘুরিয়ে নামিয়ে নিন।
একটি কাজের দ্রবণ বানানো
PCR-এ সাধারণত প্রাইমার 10 µM-এ ব্যবহার হয়। একটি 100 µM স্টক থেকে তা একটি 1:10 লঘুকরণ: 10 µL স্টক আর তার সঙ্গে 90 µL পানি বা TE দিলে 10 µM-এ 100 µL হয়। একটি কাজের নল ব্যবহার করলে স্টকটি বারবার পিপেট করা থেকে বেঁচে যায়।
পানি না TE?
TE pH সমান রাখে, আর একটু অ্যাসিডীয় পানি ধীরে ধীরে DNA-র ক্ষতি করতে পারে, তাই TE-র স্টক বেশি দিন টেকে। কম-EDTA TE-র অল্প EDTA কাজের লঘুকরণে একটি PCR ঘেঁটে দেওয়ার মতো ম্যাগনেশিয়াম বাঁধে না। কিছু কাজে, যেমন কিছু সিকোয়েন্সিং বিক্রিয়ায়, বদলে পানিই চাওয়া হয়।
রাখা
স্টক −20 °C-এ রাখুন। সেগুলো কয়েকটি ভাগে ভেঙে নিন, যাতে একটিমাত্র ভেজাল-লাগা কিংবা বেশিবার গলানো নলের দামে আপনার গোটা ফরমাশ না যায়; শুকনো অলিগো বছর ধরে টেকে, আর TE-তে রাখা স্টক জমানো থাকলে বহু মাস টেকে।
হিসাব
অলিগো গুলিয়ে নেওয়ার হিসাব যেকোনো স্টকের ঘনমাত্রার জন্য আয়তন আর একটি কাজের দ্রবণের মিশেল দেয়। PCR প্রাইমারের পরিসংখ্যান একটি প্রাইমারের আণবিক ভর দেয়, আর লঘুকরণের হিসাব অন্য যেকোনো লঘুকরণ সামলায়।
চেনা নলের মাপে আয়তন
| নলে লেখা পরিমাণ | 100 µM-র জন্য | 10 µM-র জন্য |
|---|---|---|
| 10 nmol | 100 µL | 1,000 µL |
| 25 nmol | 250 µL | 2,500 µL |
| 40 nmol | 400 µL | 4,000 µL |
| 100 nmol | 1,000 µL | 10,000 µL |
সরবরাহকারীরা সংশ্লেষণের পরের ফলনই বলেন, যা একই ফরমাশেও নলে নলে হেরফের করে, তাই ফরমাশ দেওয়া মাপ ধরে না নিয়ে প্রতিটি নলই পড়ে নিন।
একটি স্টক কত দূর যায়
প্রতিটি প্রাইমার 0.2 µM নিয়ে একটি 20 µL PCR-এ লাগে একটি 10 µM কাজের দ্রবণের 0.4 µL। 100 µM-এ একটি 25 nmol নল, 10 µM-এ লঘু করে, হাজার হাজার বিক্রিয়ার জন্য যথেষ্ট, আর তাই আপনি রোজ যা ব্যবহার করেন তা স্টক নয়, কাজের নলটিই।
চেনা সমস্যা
- একটি নতুন প্রাইমার থেকে কোনো উৎপাদ নেই। তা গুলিয়ে নেওয়া হয়েছে কি না নিশ্চিত করুন: ঘোরানোর আগে খোলা একটি নলে পেলেটটি ঢাকনায় চলে যেতে পারে। nmol সংখ্যাটি আবার পড়ুন আর আপনি যে আয়তনটি দিয়েছেন তা দেখে নিন।
- একটি স্পেকট্রোফোটোমিটারে স্টকটি আশার চেয়ে অনেক কম পড়ছে। একটি সাধারণ নয়, তথ্যপত্রের নির্বাপণ গুণাঙ্কটিই নিন। অলিগোর শোষণ ধারাটির ওপরে জোরালোভাবে নির্ভর করে।
- বহুবার গলানো প্রাইমার কাজ করা থামিয়ে দেয়। জমানো-গলানোর চক্র আর ঘাম দুটিই তাদের ক্ষতি করে। একটি ভাগ থেকেই কাজ করুন আর মূল স্টকটি অছোঁয়া রাখুন।
- প্রতিপ্রভ কিংবা বদলানো অলিগো মিলিয়ে যায়। সেগুলো অন্ধকারে রাখুন, বারবার জমানো এড়িয়ে চলুন আর সরবরাহকারীর রাখার টীকাটি মেনে চলুন, যা প্রায়ই সাদামাটা অলিগোর চেয়ে আলাদা।