জেলটি কীভাবে কাজ করে
SDS প্রোটিনকে তার দৈর্ঘ্যের সমানুপাতে ঋণাত্মক আধানে ঢেকে দেয়, তাই একটি তড়িৎক্ষেত্রে তারা পলিঅ্যাক্রিলামাইডের জালের ভেতর দিয়ে চলে কেবল মাপ ধরেই। জেলটির দুটি স্তর: ওপরে নিচু pH আর নিচু শতকরার একটি ছোট স্ট্যাকিং জেল, যা প্রতিটি নমুনাকে একটি সরু ব্যান্ডে চেপে দেয়, আর তার নিচে একটি রেজলভিং জেল, যা প্রোটিনগুলো আলাদা করে।
শতকরাটি বাছুন
- 8%: প্রায় 40 থেকে 200 kDa
- 10%: প্রায় 20 থেকে 150 kDa
- 12%: প্রায় 15 থেকে 100 kDa, একটি চেনা সাধারণ পছন্দ
- 15%: প্রায় 10 থেকে 70 kDa
স্ট্যাকিং জেল সাধারণত 4% কিংবা 5%।
প্রতিটি উপাদান যা করে
- অ্যাক্রিলামাইড/বিস: জেলের জাল গড়ে; তার শতকরা ছিদ্রের মাপ ঠিক করে।
- Tris-HCl: রেজলভিং জেলে 0.375 M-এ pH 8.8, স্ট্যাকিং জেলে 0.125 M-এ pH 6.8। pH-র তফাতই নমুনাগুলোকে থাক বাঁধায়।
- SDS: 0.1%, প্রোটিনকে বিকৃত আর আধানওয়ালা রাখে।
- APS আর TEMED: পলিমারকরণ শুরু করে। সবার শেষে দিন, কারণ জেলটি কয়েক মিনিটের মধ্যেই জমতে শুরু করে।
জেলগুলো ঢালুন
- কাচের পাত বসিয়ে নিন আর পানি দিয়ে চুইয়ে পড়া আছে কি না দেখে নিন।
- রেজলভিং জেলটি মেশান, APS আর TEMED দিন, ঘুরিয়ে নিন, আর চিরুনির দাঁত যতদূর পৌঁছাবে তার প্রায় 1.5 cm নিচে পর্যন্ত ঢালুন।
- একটি সমান ধারের জন্য ওপরে আইসোপ্রোপানল কিংবা পানি ছড়িয়ে দিন, আর 20 থেকে 30 মিনিট জমতে দিন।
- ওপরের স্তরটি ঢেলে ফেলুন, স্ট্যাকিং জেলটি তার APS আর TEMED দিয়ে মেশান, তা ওপরে ঢালুন আর চিরুনিটি ঢুকিয়ে দিন।
- জমতে দিন, তারপর চিরুনিটি তুলে নিয়ে কুয়োগুলো ধুয়ে নিন।
পলিমার না-হওয়া অ্যাক্রিলামাইড একটি স্নায়ুবিষ: দস্তানা পরুন আর দ্রবণগুলো সাবধানে ধরুন।
হিসাব
SDS-PAGE জেলের হিসাব যেকোনো শতকরা আর জেলের সংখ্যায় আলাদা করা ও স্ট্যাকিং জেলের প্রতিটি আয়তন সাজিয়ে দেয়। সমান পরিমাণ প্রোটিন ভরতে আপনার নমুনাগুলো মেপে নিন প্রোটিনের ঘনমাত্রার হিসাব (A280) দিয়ে।