ট্রান্সফরমেশনের দক্ষতা কীভাবে বের করবেন

সূত্রটি

ট্রান্সফরমেশনের দক্ষতা হলো, সবটুকু প্লেট করলে প্রতি মাইক্রোগ্রাম প্লাজমিড DNA-তে আপনি যত কলোনি পেতেন তার সংখ্যা:

দক্ষতা (cfu/µg) = কলোনি × (মোট আয়তন ÷ প্লেট করা আয়তন) × লঘুকরণের গুণক ÷ DNA-র µg

তা মাপা হয় pUC19-র মতো একটি না-কাটা, অতিকুণ্ডলিত নিয়ন্ত্রণ প্লাজমিডের একটি জানা পরিমাণ দিয়ে, কারণ ফলটি কোষের ওপরে যতটা, প্লাজমিডের ওপরেও ততটাই নির্ভর করে।

একটি কষে দেখানো উদাহরণ

আপনি 50 µL সক্ষম কোষে pUC19-র 10 pg (0.00001 µg) দিলেন, তাপের ধাক্কার পরে 950 µL SOC জুড়লেন (সবমিলিয়ে 1,000 µL), আর একটি 1:10 লঘুকরণের 100 µL প্লেট করলেন। পরের দিন 45টি কলোনি আছে।

1. প্লেট করা ভাগ: 100 ÷ 1,000 = 0.1, তাই 10 দিয়ে গুণ করুন।
2. লঘুকরণ: 1:10, তাই আবার 10 দিয়ে গুণ করুন।
3. প্রতি ট্রান্সফরমেশনে কলোনি: 45 × 10 × 10 = 4,500।
4. প্রতি µg-এ: 4,500 ÷ 0.00001 = 4.5 × 10⁸ cfu/µg।

কোন সংখ্যাটি ভালো?

• বাড়িতে বানানো রাসায়নিকভাবে সক্ষম কোষ: 10⁶ থেকে 10⁷ cfu/µg।
• বাজারের রাসায়নিকভাবে সক্ষম কোষ: 10⁸ থেকে 10⁹।
• তড়িৎ-সক্ষম কোষ: 10⁹ থেকে 10¹⁰।

একটি লাইগেশন নিয়ন্ত্রণ প্লাজমিডের চেয়ে প্রতি µg-এ অনেক কম কলোনি দেয়, প্রায়ই একশো থেকে এক হাজার গুণ কম, কারণ জোড়া লাগানো DNA বেশিটাই সরলরেখা বা শিথিল আর লাইগেশনের বাফার ট্রান্সফরমেশনে বাধা দেয়।

দক্ষতা নেমে যায় কেন

বেশি DNA (50 µL কোষে প্রায় 100 ng-র বেশি) কোষগুলো ভরিয়ে দেয় আর প্রতি-µg সংখ্যাটি নামিয়ে দেয়। DNA-তে লবণ, ইথানল কিংবা লাইগেজের বাফার, তাপের ধাক্কার আগেই গরম হয়ে যাওয়া কোষ, গলিয়ে আবার জমানো কোষ, আর সামলে ওঠার ধাপটি বাদ দেওয়া — সবই দক্ষতা কমিয়ে দেয়। বড় প্লাজমিড ছোটগুলোর চেয়ে কম ভালোভাবে ট্রান্সফর্ম হয়।

হিসাব

ট্রান্সফরমেশনের দক্ষতার হিসাব কলোনি, DNA, আয়তন আর লঘুকরণ থেকে হিসাবটি করে দেয়। DNA-র পরিমাণ দেখে নিন DNA-র ঘনমাত্রার হিসাব দিয়ে, আর ন্যানোগ্রামকে অণুতে বদলে নিন DNA-র অনুলিপি সংখ্যার হিসাব দিয়ে।