La formule
L'efficacité de transformation est le nombre de colonies que vous obtiendriez par microgramme d'ADN plasmidique si vous étaliez tout :
efficacité (ufc/µg) = colonies × (volume total ÷ volume étalé) × facteur de dilution ÷ µg d'ADN
On la mesure avec une quantité connue d'un plasmide témoin non coupé et surenroulé, comme pUC19, parce que le résultat dépend autant du plasmide que des cellules.
Un exemple chiffré
Vous ajoutez 10 pg (0,00001 µg) de pUC19 à 50 µL de cellules compétentes, puis 950 µL de SOC après le choc thermique (1 000 µL au total), et vous étalez 100 µL d'une dilution au 1/10. Le lendemain, il y a 45 colonies.
- Fraction étalée : 100 ÷ 1 000 = 0,1, donc multipliez par 10.
- Dilution : 1/10, donc multipliez encore par 10.
- Colonies par transformation : 45 × 10 × 10 = 4 500.
- Par µg : 4 500 ÷ 0,00001 = 4,5 × 108 ufc/µg.
Qu'est-ce qu'une bonne valeur ?
- Cellules chimiocompétentes maison : 106 à 107 ufc/µg.
- Cellules chimiocompétentes du commerce : 108 à 109.
- Cellules électrocompétentes : 109 à 1010.
Une ligation donne bien moins de colonies par µg que le plasmide témoin, souvent cent à mille fois moins, parce que l'ADN ligaturé est surtout linéaire ou relâché et que le tampon de ligation inhibe la transformation.
Pourquoi l'efficacité chute
Trop d'ADN (plus d'environ 100 ng pour 50 µL de cellules) sature les cellules et abaisse la valeur par µg. Du sel, de l'éthanol ou du tampon de ligase dans l'ADN, des cellules réchauffées avant le choc thermique, des cellules décongelées puis recongelées et l'absence d'étape de récupération réduisent tous l'efficacité. Les grands plasmides transforment moins bien que les petits.
Outils
Calcul de l’efficacité de transformation fait le calcul à partir des colonies, de l'ADN, des volumes et de la dilution. Vérifiez la quantité d'ADN avec Calcul de concentration d’ADN et convertissez les nanogrammes en molécules avec Calcul du nombre de copies d’ADN.