La formule
Les oligos arrivent secs, avec la quantité en nmol sur le tube ou la fiche technique. Pour un stock en µM :
Volume à ajouter (µL) = nmol × 1 000 ÷ concentration (µM)
Pour le stock habituel à 100 µM, c’est simplement nmol × 10 : un tube de 25,4 nmol reçoit 254 µL. Si la fiche donne des µg, nmol = µg × 1 000 ÷ masse moléculaire.
Étape par étape
- Centrifugez brièvement le tube fermé pour que le culot sec soit au fond et non dans le bouchon.
- Ajoutez le volume calculé de TE pauvre en EDTA (Tris 10 mM, EDTA 0,1 mM, pH 8) ou d’eau sans nucléases.
- Passez au vortex, laissez quelques minutes à température ambiante, repassez au vortex et centrifugez brièvement.
Préparer une solution de travail
En PCR, les amorces s’utilisent en général à 10 µM. À partir d’un stock à 100 µM, c’est une dilution au 1/10 : 10 µL de stock plus 90 µL d’eau ou de TE donnent 100 µL à 10 µM. Un tube de travail évite de pipeter sans cesse dans le stock.
Eau ou TE ?
Le TE maintient le pH, et une eau légèrement acide peut abîmer lentement l’ADN : les stocks en TE se gardent donc plus longtemps. Le peu d’EDTA du TE pauvre en EDTA ne capte pas assez de magnésium pour gêner une PCR aux dilutions de travail. Certaines applications, comme certaines réactions de séquençage, demandent de l’eau.
Conservation
Gardez les stocks à −20 °C. Répartissez-les en quelques aliquots pour qu’un tube contaminé ou trop souvent décongelé ne vous coûte pas toute la commande ; les oligos secs se gardent des années, les stocks en TE de nombreux mois congelés.
Calculateurs
Le calcul de remise en suspension d’oligos donne le volume pour toute concentration de stock et le mélange pour une solution de travail. Statistiques d’amorces PCR donne la masse moléculaire d’une amorce, et le calcul de dilution traite toute autre dilution.