La fórmula
Los oligos llegan secos, con la cantidad en nmol en el tubo o en la hoja de datos. Para un stock en µM:
Volumen que añadir (µL) = nmol × 1000 ÷ concentración (µM)
Para el stock habitual de 100 µM es simplemente nmol × 10: un tubo con 25,4 nmol lleva 254 µL. Si la hoja da µg, nmol = µg × 1000 ÷ peso molecular.
Paso a paso
- Centrifuga brevemente el tubo cerrado para que el sedimento seco quede en el fondo y no en la tapa.
- Añade el volumen calculado de TE con poco EDTA (Tris 10 mM, EDTA 0,1 mM, pH 8) o de agua libre de nucleasas.
- Agita en el vórtex, deja unos minutos a temperatura ambiente, vuelve a agitar y centrifuga brevemente.
Preparar una solución de trabajo
En PCR se suelen usar los cebadores a 10 µM. Desde un stock de 100 µM es una dilución 1:10: 10 µL de stock más 90 µL de agua o TE dan 100 µL a 10 µM. Usar un tubo de trabajo evita pipetear el stock una y otra vez.
¿Agua o TE?
El TE mantiene el pH estable, y el agua ligeramente ácida puede dañar el ADN poco a poco, así que los stocks en TE duran más. La poca EDTA del TE bajo en EDTA no capta suficiente magnesio para afectar a una PCR a las diluciones de trabajo. Algunas aplicaciones, como ciertas reacciones de secuenciación, piden agua.
Conservación
Guarda los stocks a −20 °C. Divídelos en varias alícuotas para que un tubo contaminado o descongelado demasiadas veces no te cueste todo el pedido; los oligos secos duran años y los stocks en TE, muchos meses congelados.
Calculadoras
La calculadora de resuspensión de oligos da el volumen para cualquier concentración de stock y la mezcla para una solución de trabajo. Estadísticas de cebadores de PCR da el peso molecular de un cebador, y la calculadora de diluciones resuelve cualquier otra dilución.