Como calcular a eficiência de transformação

A fórmula

Eficiência de transformação é o número de colônias que você obteria por micrograma de DNA plasmidial se plaqueasse tudo:

eficiência (ufc/µg) = colônias × (volume total ÷ volume plaqueado) × fator de diluição ÷ µg de DNA

Ela é medida com uma quantidade conhecida de um plasmídeo controle não cortado e superenovelado, como o pUC19, porque o resultado depende tanto do plasmídeo quanto das células.

Um exemplo resolvido

Você adiciona 10 pg (0,00001 µg) de pUC19 a 50 µL de células competentes, adiciona 950 µL de SOC depois do choque térmico (1.000 µL no total) e plaqueia 100 µL de uma diluição 1:10. No dia seguinte há 45 colônias.

1. Fração plaqueada: 100 ÷ 1.000 = 0,1, então multiplique por 10.
2. Diluição: 1:10, então multiplique por 10 de novo.
3. Colônias por transformação: 45 × 10 × 10 = 4.500.
4. Por µg: 4.500 ÷ 0,00001 = 4,5 × 10⁸ ufc/µg.

O que é um bom número?

• Células quimiocompetentes caseiras: 10⁶ a 10⁷ ufc/µg.
• Células quimiocompetentes comerciais: 10⁸ a 10⁹.
• Células eletrocompetentes: 10⁹ a 10¹⁰.

Uma ligação dá muito menos colônias por µg do que o plasmídeo controle, muitas vezes de cem a mil vezes menos, porque o DNA ligado é em sua maior parte linear ou relaxado e o tampão de ligação inibe a transformação.

Por que a eficiência cai

DNA demais (mais de uns 100 ng por 50 µL de células) satura as células e reduz o número por µg. Sal, etanol ou tampão de ligase no DNA, células que esquentaram antes do choque térmico, células descongeladas e recongeladas e pular a recuperação reduzem a eficiência. Plasmídeos grandes transformam pior que os pequenos.

Calculadoras

A Calculadora de eficiência de transformação faz a conta a partir de colônias, DNA, volumes e diluição. Confira a quantidade de DNA com a Calculadora de concentração de DNA e converta nanogramas em moléculas com a Calculadora de número de cópias de DNA.