Por que as proteínas absorvem a 280 nm
O triptofano e a tirosina absorvem luz ultravioleta a 280 nm, e as pontes dissulfeto contribuem um pouco. Como a quantidade de cada um varia entre proteínas, cada proteína tem seu próprio coeficiente de extinção, e a leitura de A280 só é tão boa quanto o coeficiente usado.
A fórmula
Pela lei de Beer-Lambert, concentração (M) = A280 ÷ (ε × caminho óptico), em que ε é o coeficiente de extinção molar em M−1 cm−1. Multiplique pelo peso molecular para ter mg/mL. Um atalho é a Abs 0,1%, a absorbância de uma solução de 1 mg/mL, que é ε ÷ peso molecular: mg/mL = A280 ÷ Abs 0,1%.
O coeficiente de extinção pela sequência
O método de Pace e colaboradores (1995) conta os resíduos que absorvem:
ε = 5.500 × Trp + 1.490 × Tyr + 125 × cistinas
Uma cistina é um par de cisteínas unidas por ponte dissulfeto; retire esse termo para uma proteína reduzida.
Um exemplo resolvido
A albumina sérica bovina tem ε = 43.824 M−1 cm−1 e peso molecular de 66.430 Da, então sua Abs 0,1% é 43.824 ÷ 66.430 = 0,66. Uma leitura de 0,33 numa cubeta de 1 cm é 0,33 ÷ 0,66 = 0,5 mg/mL, ou 7,5 µM.
Armadilhas
- Faça o branco com o mesmo tampão da proteína; imidazol, detergentes e alguns redutores absorvem a 280 nm.
- Contaminação com ácidos nucleicos aumenta a A280. Uma proteína pura tem razão A260/A280 por volta de 0,6; valores perto de 1 ou acima indicam DNA ou RNA.
- Agregados espalham a luz e dão leituras altas. Centrifugue ou filtre amostras turvas.
- Mantenha as leituras entre 0,1 e 1,0, diluindo se preciso.
- Proteínas sem triptofano nem tirosina não podem ser medidas assim; use um ensaio de Bradford ou BCA.
Calculadoras
A calculadora de concentração de proteínas calcula o coeficiente de extinção a partir de uma sequência colada, ou usa um coeficiente conhecido ou a Abs 0,1%, e dá mg/mL e µM. A calculadora da lei de Beer-Lambert resolve a equação geral, e Peso molecular de proteínas dá a massa a partir de uma sequência.