Por que usar um master mix
Pipetar cada componente em cada tubo é lento e acrescenta um pequeno erro a cada vez. Um master mix junta num tubo tudo o que as reações têm em comum, que depois é dividido entre os tubos antes de entrar o molde. Cada reação recebe o mesmo mix, e você pipeta muito menos volumes pequenos.
Concentrações finais comuns
- Tampão: 1× (de um estoque 10× ou 5×).
- dNTPs: 0,2 mM de cada.
- MgCl2: 1,5 a 2,5 mM, se o tampão ainda não tiver.
- Primers: 0,1 a 0,5 µM cada.
- Taq polimerase: cerca de 1,25 unidade por reação de 50 µL.
- Molde: de 1 pg a 100 ng, conforme a origem.
Siga o manual da sua polimerase quando for diferente; enzimas de alta fidelidade, em especial, têm recomendações próprias.
Calculando os volumes
Para cada componente, volume por reação = concentração final ÷ concentração do estoque × volume de reação. Numa reação de 25 µL, o tampão 10× precisa de 2,5 µL e cada primer de 10 µM a 0,5 µM, de 1,25 µL. A água completa o volume depois do molde.
Multiplique cada volume pelo número de reações mais cerca de 10%, porque um pouco de líquido se perde nas ponteiras e nas paredes do tubo. Para 10 reações, prepare para 11.
Montando o mix
- Descongele os componentes no gelo, agite e centrifugue rapidamente (menos a polimerase).
- Adicione primeiro a água, depois o tampão, os dNTPs, o MgCl2 e os primers.
- Adicione a polimerase por último, misture com cuidado pipetando ou dando batidinhas e centrifugue.
- Divida o mix entre os tubos e adicione o molde em cada um. Inclua um controle sem molde, com água.
Calculadoras
A calculadora de master mix de PCR calcula todos os volumes para qualquer número de reações. Confira a temperatura de anelamento dos primers com a calculadora de Tm de primers e prepare os estoques com a calculadora de ressuspensão de oligos.