Как рассчитать эффективность трансформации

Формула

Эффективность трансформации — это число колоний, которое вы получили бы на микрограмм плазмидной ДНК, если бы высеяли всё:

эффективность (КОЕ/мкг) = колонии × (общий объём ÷ высеянный объём) × фактор разведения ÷ мкг ДНК

Её измеряют с известным количеством неразрезанной суперскрученной контрольной плазмиды, например pUC19, потому что результат зависит от плазмиды не меньше, чем от клеток.

Разобранный пример

Вы добавляете 10 пг (0,00001 мкг) pUC19 к 50 мкл компетентных клеток, после теплового шока добавляете 950 мкл SOC (всего 1000 мкл) и высеваете 100 мкл разведения 1:10. На следующий день выросло 45 колоний.

1. Высеянная доля: 100 ÷ 1000 = 0,1, значит, умножаем на 10.
2. Разведение: 1:10, значит, умножаем ещё на 10.
3. Колоний на трансформацию: 45 × 10 × 10 = 4500.
4. На мкг: 4500 ÷ 0,00001 = 4,5 × 10⁸ КОЕ/мкг.

Какое число хорошее?

• Самодельные химически компетентные клетки: от 10⁶ до 10⁷ КОЕ/мкг.
• Коммерческие химически компетентные клетки: от 10⁸ до 10⁹.
• Электрокомпетентные клетки: от 10⁹ до 10¹⁰.

Лигазная смесь даёт на мкг гораздо меньше колоний, чем контрольная плазмида, часто в сто-тысячу раз меньше, потому что лигированная ДНК в основном линейная или релаксированная, а лигазный буфер подавляет трансформацию.

Почему эффективность падает

Слишком много ДНК (больше примерно 100 нг на 50 мкл клеток) насыщает клетки и снижает число на мкг. Соль, этанол или лигазный буфер в ДНК, клетки, нагревшиеся до теплового шока, размороженные и снова замороженные клетки и пропуск этапа восстановления — всё это снижает эффективность. Большие плазмиды трансформируются хуже маленьких.

Калькуляторы

Калькулятор эффективности трансформации делает расчёт по колониям, ДНК, объёмам и разведению. Проверьте количество ДНК в Калькулятор концентрации ДНК, а нанограммы в молекулы переведёт Калькулятор числа копий ДНК.