Выберите концентрацию
Концентрация определяет, какие размеры ДНК гель разделяет лучше всего. Меньшие концентрации оставляют более крупные поры для больших фрагментов; большие разрешают маленькие.
- 0,7%: примерно 0,8–12 т. п. н.
- 1%: примерно 0,5–10 т. п. н., обычный выбор для продуктов ПЦР и плазмид
- 1,5%: примерно 0,2–3 т. п. н.
- 2%: примерно от 50 п. н. до 2 т. п. н.
Рассчитайте количества
Концентрация геля — граммы агарозы на 100 мл буфера: граммы = % × объём (мл) ÷ 100. Для 50 мл 1% геля нужно 0,5 г. Готовьте буфер 1× из стока: 1 мл 50× TAE на 50 мл или 5 мл 10× TBE. Тот же буфер используйте в камере.
Залейте гель
- Отвесьте агарозу в колбу и добавьте буфер 1×.
- Нагревайте в микроволновке короткими импульсами, перемешивая между ними, пока раствор не станет совершенно прозрачным без плавающих крупинок. Следите внимательно: он может внезапно вскипеть.
- Дайте остыть примерно до 50–60 °C — чтобы колбу можно было держать в руке.
- Добавьте краситель ДНК, если красите в геле, перемешайте и залейте в форму с установленной гребёнкой.
- Оставьте застывать на 20–30 минут, затем осторожно выньте гребёнку.
Запустите
Поместите гель в камеру лунками к отрицательному (чёрному) электроду, поскольку ДНК движется к положительному (красному), и залейте буфером. Внесите образцы, смешанные с буфером для нанесения, рядом с маркером длин ДНК и ведите электрофорез примерно при 5–8 вольтах на см между электродами, пока фронт красителя не пройдёт две трети геля.
Калькуляторы
Калькулятор агарозного геля даёт агарозу, буфер, воду и краситель для любой концентрации и объёма. Чтобы нанести заданное количество ДНК, сначала измерьте её в Калькулятор концентрации ДНК.