PCR প্রাইমারের পরিসংখ্যান

PCR প্রাইমার কীভাবে দেখে নেবেন

1. প্রতি লাইনে একটি করে প্রাইমার সেঁটে দিন, চাইলে প্রতিটি সিকোয়েন্সের আগে একটি নামসহ, কিংবা FASTA হিসেবে।
2. নিকটতম-প্রতিবেশী গলনের তাপমাত্রার জন্য প্রাইমার আর সোডিয়ামের ঘনমাত্রা বসিয়ে দিন।
3. প্রতিটি প্রাইমার তার দৈর্ঘ্য, GC-র পরিমাণ, তিনটি গলনের তাপমাত্রা, আণবিক ভর আর কোনো সতর্কবার্তাসহ তালিকায় আসে।

সাধারণ প্রশ্ন

কোন গলনের তাপমাত্রা নেব?

নিকটতম-প্রতিবেশীর মানটিই সবচেয়ে নিখুঁত। সরল সূত্রটি ছোট প্রাইমারের জন্য প্রতি A বা T-তে 2 °C আর প্রতি G বা C-তে 4 °C ধরে, আর লম্বাগুলোর জন্য একটি GC সূত্র; লবণে শোধ-করা মানটি সোডিয়ামের জন্য তা সংশোধন করে।

সতর্কবার্তা কী কী দেখে?

18-30 বেসের বাইরে দৈর্ঘ্য, 40-60%-এর বাইরে GC-র পরিমাণ, 3′ প্রান্তে G বা C না থাকা, শেষ 5 বেসে 3-র বেশি G বা C, একই বেসের একটানা 5 বা তার বেশি, আর এমন স্ব-পূরক টান, যা হেয়ারপিন বা প্রাইমার ডাইমার গড়তে পারে।

আমার সিকোয়েন্স কি আপলোড হয়?

না। সবকিছু আপনার ব্রাউজারেই চলে, তাই আপনার সিকোয়েন্স কখনো যন্ত্র ছেড়ে যায় না।