কোডন অনুকূলন

একটি জিনের কোডন কীভাবে অনুকূলন করবেন

1. একটি প্রোটিন সিকোয়েন্স সেঁটে দিন, কিংবা এমন একটি কোডিং DNA সিকোয়েন্স, যার দৈর্ঘ্য তিনের গুণিতক।
2. পোষকটি বেছে নিন। সিকোয়েন্সটি ওই পোষকের কোডন-ব্যবহার ধরে নতুন করে কোড করা হয়।
3. যে রেস্ট্রিকশনের জায়গাগুলো ঠেকিয়ে রাখা দরকার তা জুড়ে দিন, তারপর FASTA-টি নকল করে নিন বা নামিয়ে নিন।

সাধারণ প্রশ্ন

কোডন অনুকূলন আসলে কী করে?

এটি প্রতিটি কোডনের জায়গায় এমন আরেকটি বসায়, যা একই অ্যামিনো অ্যাসিড কোড করে কিন্তু পোষক বেশি ব্যবহার করে। প্রোটিনটি একই থাকে; যা বদলায় তা হলো পোষকের রাইবোজোম আর tRNA-র ভাঁড়ার কতটা সহজে বার্তাটি অনুবাদ করে।

কোডনের কোন বাছাই নেব?

“সবচেয়ে বেশি চলা কোডন” সবচেয়ে উঁচু অনুরূপতা সূচক দেয় আর জিন সংশ্লেষণের বেশির ভাগ ফরমাশে তাই চলে। “ব্যবহারের অনুপাতে” পোষকের স্বাভাবিক মিশেলের সঙ্গে মেলে আর একই কোডনের সেই লম্বা টানগুলো এড়ায়, যা একটি tRNA-র ভাঁড়ার খালি করে দিতে পারে। “সবচেয়ে বেশি চলা, তবে পুনরাবৃত্তি বদলে” একটি মাঝামাঝি পথ, যা কেবল একটানা টানগুলোই ভেঙে দেয়।

কোডন অনুরূপতা সূচক কী?

জিনের প্রতিটি কোডন কত ঘন ঘন ব্যবহার হয়, ওই অ্যামিনো অ্যাসিডের সবচেয়ে ভালো কোডনের তুলনায় — তারই গুণোত্তর গড়। 1.0 মানে প্রতিটি কোডনই পোষকের সবচেয়ে প্রিয়। প্রকৃতিতে বেশি প্রকাশ পাওয়া জিন থাকে প্রায় 0.7 থেকে 0.9-এ।

ব্যবহারের টেবিলগুলো কোথা থেকে আসে?

সেগুলো প্রকাশিত কোডন-ব্যবহারের টেবিল থেকে নেওয়া প্রতিটি জীবের আপেক্ষিক কোডন ব্যবহার, প্রতি কোডনে একটি ভগ্নাংশ। আপনি বদলে নিজের একটি টেবিল সেঁটে দিয়ে “নিচের টেবিলটি” বেছে নিতে পারেন, আর আপনার গবেষণাগারে কোনো নির্দিষ্ট স্ট্রেনের বা কেবল বেশি প্রকাশ পাওয়া জিনের সংখ্যা থাকলে তা করারই মানে আছে।

অনুকূলন করলে প্রকাশ কি নিশ্চিতভাবেই বাড়বে?

না। এক জীবের জিন অন্য জীবে প্রকাশ করলে এটি সাধারণত কাজে দেয়, তবে প্রকাশ আরও নির্ভর করে শুরুর কাছে mRNA-র ভাঁজ, প্রোমোটার আর রাইবোজোম বাঁধার জায়গা, GC-র পরিমাণ, প্রোটিনের বিষাক্ততা আর দ্রাব্যতার ওপর। যা যা ভুল হতে পারে তার মধ্যে বিরল কোডন কেবল একটি।

একই বেসের একটানা টান এড়াব কেন?

লম্বা হোমোপলিমারের টান একটি সিকোয়েন্স সংশ্লেষণ করা কঠিন আর দামি করে তোলে, আর PCR ও সিকোয়েন্সিংয়ে পিছলে যাওয়ার কারণ হতে পারে। একটি বেসের ছয় বা তার বেশিই চলতি সীমা।

এটি কি আমার রেস্ট্রিকশনের জায়গাগুলো ঠেকিয়ে রাখে?

চেষ্টা করে। যে কোডন তালিকার কোনো জায়গা বানিয়ে দিত, তা ওই অ্যামিনো অ্যাসিডের পরের সবচেয়ে ভালো কোডনে বদলে দেওয়া হয়। প্রোটিন না বদলে কিছু জায়গা এড়ানো যায় না, আর সেগুলোর নাম অবস্থার লাইনে বলে দেওয়া হয়।

আমার সিকোয়েন্স কি আপলোড হয়?

না। সবকিছু আপনার ব্রাউজারেই চলে, তাই আপনার সিকোয়েন্স কখনো যন্ত্র ছেড়ে যায় না।