CRISPR গাইড খুঁজুন

CRISPR গাইড কীভাবে খুঁজবেন

1. যে DNA কাটতে চান তা সাধারণ লেখা বা FASTA হিসেবে সেঁটে দিন।
2. নিউক্লিয়েজ আর তার PAM বেছে নিন, কিংবা নিজের লিখুন, আর গাইডের দৈর্ঘ্য বসিয়ে দিন।
3. GC-র পরিসর আর TTTT টানওয়ালা গাইড বাদ দেবেন কি না তা বসিয়ে দিন।
4. প্রতিটি গাইড তার অবস্থান, সূত্রক, সিকোয়েন্স, PAM আর GC-র পরিমাণসহ তালিকায় আসে। “ফল নকল করুন” বা “নামিয়ে নিন” ফলটি জমা করে।

সাধারণ প্রশ্ন

PAM কী?

ছোট একটি মোটিফ, যার ওপরে নিউক্লিয়েজটিকে তার লক্ষ্যের পাশে বসতে হয়। SpCas9-র 20 nt গাইডের ঠিক পরে NGG দরকার; Cas12a-র আরও লম্বা একটির ঠিক আগে TTTV দরকার। PAM না থাকলে কাটাও নেই।

GC-র পরিমাণ কত ধরতে চাইব?

35% আর 75%-এর মধ্যে বেশির ভাগ গাইডেই চলে, আর 40% থেকে 60% চলতি সবচেয়ে ভালো জায়গা। খুব কম GC দুর্বলভাবে জুড়ে বসে আর খুব বেশি GC লক্ষ্যের বাইরে কাটা বাড়িয়ে দেয়।

TTTT-ওয়ালা গাইড বাদ দেব কেন?

চার বা তার বেশি T বেসের একটানা টান গাইডটি প্রকাশ করতে ব্যবহার করা U6 প্রোমোটারের জন্য থামার সংকেত হিসেবে কাজ করতে পারে, তাই sgRNA-টি আধখাওয়া হয়ে বেরোয়।

“সিড” স্তম্ভটির মানে কী?

আপনি যে সিকোয়েন্স সেঁটেছেন তার আর কতগুলো জায়গায় PAM-এর পাশে একই 12টি বেস আছে। শূন্যের ওপরে যেকোনো কিছুই মানে গাইডটি এই সিকোয়েন্সেও একমাত্র নয়, তাই ফরমাশ দেওয়ার আগে পুরো জিনোমের বিপরীতে তা দেখে নিন।

এটি কি জিনোমে লক্ষ্যের বাইরের জায়গা দেখে নেয়?

না। এটি কেবল আপনার সাঁটা সিকোয়েন্সেই খোঁজে, কারণ জিনোমজুড়ে খুঁজতে জিনোমটাই লাগে। গাইডের একটি ছোট তালিকা বানাতে এটি ব্যবহার করুন, তারপর ওই তালিকাটি আপনার জীবের বিপরীতে স্কোর করুন।

আমার সিকোয়েন্স কি আপলোড হয়?

না। সবকিছু আপনার ব্রাউজারেই চলে, তাই আপনার সিকোয়েন্স কখনো যন্ত্র ছেড়ে যায় না।