Поиск гидов CRISPR
Как найти гиды CRISPR
- Вставьте ДНК, которую нужно разрезать, простым текстом или в формате FASTA.
- Выберите нуклеазу и её PAM или введите свой и задайте длину гида.
- Задайте диапазон GC и отбрасывать ли гиды с серией TTTT.
- Каждый гид выводится с позицией, цепью, последовательностью, PAM и GC-составом. «Копировать результат» или «Скачать» сохраняют результат.
Частые вопросы
Что такое PAM?
Короткий мотив, на котором должна сидеть нуклеаза рядом со своей мишенью. SpCas9 нужен NGG сразу после гида из 20 нуклеотидов; Cas12a нужен TTTV прямо перед более длинным. Нет PAM — нет разреза.
К какому GC-составу стремиться?
Для большинства гидов подходит от 35% до 75%, а оптимум обычно 40–60%. Очень низкий GC связывается слабо, а очень высокий повышает неспецифическое разрезание.
Зачем отбрасывать гиды с TTTT?
Серия из четырёх и более T может работать как сигнал терминации для промотора U6, с которого экспрессируется гид, и sgRNA выходит укороченной.
Что означает столбец «Сид»?
Сколько ещё мест во вставленной последовательности несут те же 12 оснований рядом с PAM. Всё больше нуля означает, что гид не уникален даже в этой последовательности, поэтому перед заказом проверьте его по всему геному.
Проверяет ли он геном на нецелевые сайты?
Нет. Он ищет только во вставленной последовательности, потому что для поиска по всему геному нужен геном. Используйте его, чтобы составить короткий список гидов, а затем оцените этот список по своему организму.
Мои последовательности загружаются на сервер?
Нет. Всё работает в браузере, поэтому последовательности не покидают устройство.