Toolyard

Парное выравнивание по кодонам

Как выровнять две кодирующие последовательности по кодонам

  1. Вставьте две кодирующие последовательности ДНК в рамке.
  2. Выберите генетический код и штрафы за пропуски.
  3. Нажмите «Выровнять». Белки выравниваются, а пропуски переносятся обратно в ДНК, поэтому кодоны остаются целыми.

Частые вопросы

Зачем выравнивать кодоны, а не основания?

Выравнивание оснований может вставить пропуски посреди кодонов. Если сначала выровнять белки, каждый кодон остаётся целым, что и нужно для dN/dS и других анализов на основе кодонов.

Мои последовательности загружаются на сервер?

Нет. Всё работает в браузере, поэтому последовательности не покидают устройство.

Встроить этот инструмент на свой сайт

Ещё инструменты для последовательностей ДНК и белков

Обратный комплементДНК в РНКОбъединение последовательностей FASTAРазделение последовательности FASTAGenBank в FASTAEMBL в FASTAИзвлечение элементов GenBankИзвлечение элементов EMBLИзвлечение трансляций GenBankИзвлечение трансляций EMBLРазбиение на кодоныИзвлечение участков ДНКИзвлечение участков белкаСкользящее окно ДНКСкользящее окно белкаОчистка ДНКОчистка белкаГруппировка ДНКГруппировка белкаОднобуквенные коды аминокислот в трёхбуквенныеТрёхбуквенные коды аминокислот в однобуквенныеСтатистика ДНКСтатистика белкаЧастота использования кодоновПоиск CpG-островковМолекулярная масса ДНКМолекулярная масса белкаИзоэлектрическая точка белкаGRAVY белкаПоиск мотива в ДНКПоиск мотива в белкеНечёткий поиск в ДНКНечёткий поиск в белкеИдентичность и сходствоПоиск ORFТрансляция ДНК в белокОбратная трансляцияОбратная трансляция белкового выравниванияАнализ праймеров ПЦРПродукты ПЦРСводка рестрикцииМутации для рестрикцииПарное выравнивание ДНКПарное выравнивание белковОптимизация кодоновПоиск гидов CRISPRРестрикционная картаКарта трансляцииКарта праймеровРаскраска выравнивания по консервативностиРаскраска выравнивания по свойствамГрафик кодоновПросмотр карты плазмидыСлучайная последовательность ДНКСлучайная белковая последовательностьСлучайная кодирующая ДНКСлучайные участки ДНКСлучайные участки белкаВыборка ДНКВыборка белкаПеремешивание ДНКПеремешивание белкаМутирование ДНКМутирование белкаГенетические кодыКоды IUPAC