Toolyard

График кодонов









Как построить график использования кодонов вдоль гена
  1. Вставьте кодирующую последовательность ДНК в рамке.
  2. При желании вставьте таблицу использования кодонов организма-хозяина. Без неё используется сам ген.
  3. Каждый столбик показывает, насколько часто встречается этот кодон среди синонимичных. Кодоны ниже заданной доли отмечены как редкие.
Частые вопросы
Зачем искать редкие кодоны?
Серии кодонов, редких у хозяина, могут замедлять трансляцию или вызывать ошибки, когда ген экспрессируется в другом организме, например ген человека в E. coli.
Мои последовательности загружаются на сервер?
Нет. Всё работает в браузере, поэтому последовательности не покидают устройство.


Встроить этот инструмент на свой сайт



Ещё инструменты для последовательностей ДНК и белков


Обратный комплементДНК в РНКОбъединение последовательностей FASTAРазделение последовательности FASTAGenBank в FASTAEMBL в FASTAИзвлечение элементов GenBankИзвлечение элементов EMBLИзвлечение трансляций GenBankИзвлечение трансляций EMBLРазбиение на кодоныИзвлечение участков ДНКИзвлечение участков белкаСкользящее окно ДНКСкользящее окно белкаОчистка ДНКОчистка белкаГруппировка ДНКГруппировка белкаОднобуквенные коды аминокислот в трёхбуквенныеТрёхбуквенные коды аминокислот в однобуквенныеСтатистика ДНКСтатистика белкаЧастота использования кодоновПоиск CpG-островковМолекулярная масса ДНКМолекулярная масса белкаИзоэлектрическая точка белкаGRAVY белкаПоиск мотива в ДНКПоиск мотива в белкеНечёткий поиск в ДНКНечёткий поиск в белкеИдентичность и сходствоПоиск ORFТрансляция ДНК в белокОбратная трансляцияОбратная трансляция белкового выравниванияАнализ праймеров ПЦРПродукты ПЦРСводка рестрикцииМутации для рестрикцииПарное выравнивание ДНКПарное выравнивание белковПарное выравнивание по кодонамОптимизация кодоновПоиск гидов CRISPRРестрикционная картаКарта трансляцииКарта праймеровРаскраска выравнивания по консервативностиРаскраска выравнивания по свойствамПросмотр карты плазмидыСлучайная последовательность ДНКСлучайная белковая последовательностьСлучайная кодирующая ДНКСлучайные участки ДНКСлучайные участки белкаВыборка ДНКВыборка белкаПеремешивание ДНКПеремешивание белкаМутирование ДНКМутирование белкаГенетические кодыКоды IUPAC