Kodon optimizasyonu
Bir gen için kodon optimizasyonu nasıl yapılır
- Bir protein dizisi ya da uzunluğu üçün katı olan kodlayan bir DNA dizisi yapıştır.
- Konağı seç. Dizi o konağın kodon kullanımıyla yeniden kodlanır.
- Dışarıda tutman gereken kesim bölgelerini ekle, sonra FASTA’yı kopyala ya da indir.
Sık sorulan sorular
Kodon optimizasyonu aslında ne yapar?
Her kodonu aynı amino asidi kodlayan ama konağın daha sık kullandığı bir başkasıyla değiştirir. Protein değişmez; değişen, konağın ribozomlarının ve tRNA havuzunun mesajı ne kadar kolay çevirdiğidir.
Hangi kodon seçimini kullanmalıyım?
«En çok kullanılan kodon» en yüksek uyum indeksini verir ve çoğu gen sentezi siparişinin kullandığı budur. «Kullanım oranında» konağın doğal karışımına uyar ve bir tRNA havuzunu boşaltabilecek uzun özdeş kodon dizilerinden kaçınır. «En çok kullanılan, ama tekrarları çeşitlendir» yalnızca dizileri bölen bir orta yoldur.
Kodon uyum indeksi nedir?
Gendeki her kodonun, o amino asit için en iyi kodona göre ne sıklıkla kullanıldığının geometrik ortalaması. 1,0 her kodonun konağın gözdesi olduğu anlamına gelir. Doğal yüksek ifadeli genler 0,7–0,9 civarındadır.
Kullanım tabloları nereden geliyor?
Yayımlanmış kodon kullanım tablolarından her organizmanın bağıl kodon kullanımıdır; kodon başına bir oran. Bunun yerine kendi tablonu yapıştırıp «Aşağıdaki tablo»yu seçebilirsin; laboratuvarının belirli bir suş ya da yalnızca yüksek ifadeli genler için değerleri varsa buna değer.
Optimizasyon ifadeyi kesinlikle artırır mı?
Hayır. Bir organizmanın geni başka birinde ifade edildiğinde genellikle yardımcı olur, ama ifade başlangıç yakınındaki mRNA katlanmasına, promotöre ve ribozom bağlanma bölgesine, GC içeriğine, protein toksisitesine ve çözünürlüğe de bağlıdır. Nadir kodonlar yanlış gidebilecek şeylerden yalnızca biridir.
Aynı bazın dizilerinden neden kaçınılmalı?
Uzun homopolimer dizileri bir diziyi sentezlemeyi zorlaştırır ve pahalılaştırır; PCR ve dizileme sırasında kaymaya yol açabilir. Tek bir bazın altı ya da daha fazlası olağan sınırdır.
Kesim bölgelerimi dışarıda tutuyor mu?
Deniyor. Listelenen bölgelerden birini oluşturacak her kodon o amino asit için bir sonraki en iyi kodonla değiştirilir. Bazı bölgelerden proteini değiştirmeden kaçınılamaz; bunlar durum satırında adlandırılır.
Dizilerim yükleniyor mu?
Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.