Toolyard

Kodon grafiği









Bir gen boyunca kodon kullanımı nasıl grafiğe dökülür
  1. Kodlayan bir DNA dizisini çerçevede olarak yapıştır.
  2. İstersen konak organizma için bir kodon kullanım tablosu yapıştır. Tablo yoksa genin kendisi kullanılır.
  3. Her çubuk o kodonun eş anlamlı kodonları arasında ne kadar yaygın olduğunu gösterir. Belirlediğin oranın altındaki kodonlar nadir olarak işaretlenir.
Sık sorulan sorular
Nadir kodonlar neden aranır?
Konakta nadir olan kodon dizileri, bir gen başka bir organizmada ifade edildiğinde, örneğin bir insan geni E. coli’de, translasyonu yavaşlatabilir ya da hatalara yol açabilir.
Dizilerim yükleniyor mu?
Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.


Bu aracı kendi sitene ekle



Diğer DNA ve protein dizisi araçları


Ters tamamlayıcıDNA’dan RNA’yaFASTA dizilerini birleştirFASTA dizisini bölGenBank’ten FASTA’yaEMBL’den FASTA’yaGenBank özellik çıkarıcıEMBL özellik çıkarıcıGenBank translasyon çıkarıcıEMBL translasyon çıkarıcıKodonlara bölDNA aralık çıkarıcıProtein aralık çıkarıcıDNA pencere çıkarıcıProtein pencere çıkarıcıDNA filtreleProtein filtreleDNA gruplaProtein gruplaTek harften üç harfli amino asit kodlarınaÜç harften tek harfli amino asit kodlarınaDNA istatistikleriProtein istatistikleriKodon kullanımıCpG adası bulucuDNA molekül ağırlığıProtein molekül ağırlığıProtein izoelektrik noktasıProtein GRAVYDNA desen bulmaProtein desen bulmaDNA bulanık aramaProtein bulanık aramaÖzdeşlik ve benzerlikORF bulucuDNA’yı proteine çevirTers translasyonProtein hizalamasının ters translasyonuPCR primer istatistikleriPCR ürünleriKesim özetiKesim için mutasyonDNA ikili hizalamaProtein ikili hizalamaKodon ikili hizalamaKodon optimizasyonuCRISPR kılavuz bulucuKesim haritasıTranslasyon haritasıPrimer haritasıHizalamayı korunmuşluğa göre renklendirHizalamayı özelliklere göre renklendirPlazmit haritası görüntüleyiciRastgele DNA dizisiRastgele protein dizisiRastgele kodlayan DNARastgele DNA bölgeleriRastgele protein bölgeleriDNA örnekleProtein örnekleDNA karıştırProtein karıştırDNA mutasyonuProtein mutasyonuGenetik kodlarIUPAC kodları