Otimização de códons
Como otimizar os códons de um gene
- Cole uma sequência de proteína, ou uma de DNA codificante cujo comprimento seja múltiplo de três.
- Escolha o hospedeiro. A sequência é recodificada com o uso de códons daquele organismo.
- Acrescente os sítios de restrição que precisa evitar, depois copie ou baixe o FASTA.
Perguntas frequentes
O que a otimização de códons faz de fato?
Ela troca cada códon por outro que codifica o mesmo aminoácido mas é mais usado pelo hospedeiro. A proteína não muda; o que muda é a facilidade com que os ribossomos e o conjunto de tRNA do hospedeiro traduzem a mensagem.
Qual escolha de códons devo usar?
"O códon mais usado" dá o maior índice de adaptação e é o que quase toda síntese de genes faz. "Na proporção do uso" imita a mistura natural do hospedeiro e evita os trechos longos de códons idênticos, que podem esgotar um tRNA. "O mais usado, variando as repetições" é um meio-termo que só quebra as sequências repetidas.
O que é o índice de adaptação de códons?
A média geométrica do quanto cada códon do gene é usado, em relação ao melhor códon daquele aminoácido. 1,0 significa que todo códon é o preferido do hospedeiro. Genes naturais muito expressos ficam entre 0,7 e 0,9.
De onde vêm as tabelas de uso?
São o uso relativo de códons de cada organismo segundo as tabelas publicadas, com uma fração por códon. Você também pode colar sua própria tabela e escolher "A tabela abaixo", o que vale a pena se o seu laboratório tem dados de uma cepa específica ou só de genes muito expressos.
A otimização melhora a expressão com certeza?
Não. Ela costuma ajudar quando um gene de um organismo é expresso em outro, mas a expressão também depende do dobramento do mRNA no começo, do promotor e do sítio de ligação ao ribossomo, do teor de GC e da toxicidade e solubilidade da proteína. Códons raros são só uma das coisas que podem estar erradas.
Por que evitar sequências da mesma base?
Sequências longas de uma só base deixam a síntese mais difícil e mais cara, e podem causar deslizamento na PCR e no sequenciamento. Seis ou mais de uma base é o limite usual.
Ele mantém meus sítios de restrição fora?
Ele tenta. Cada códon que criaria um dos sítios listados é trocado pelo próximo melhor códon daquele aminoácido. Alguns sítios não podem ser evitados sem mudar a proteína, e esses são citados na linha de status.
Minha sequência é enviada?
Não. Tudo roda no seu navegador, então suas sequências nunca saem do seu dispositivo.