Yüzdeyi seç
Yüzde, jelin en iyi ayırdığı DNA boyutunu belirler. Düşük yüzdeler büyük parçalar için daha büyük gözenekler bırakır; yüksek yüzdeler küçük parçaları ayırır.
- %0,7: yaklaşık 0,8 ila 12 kb
- %1: yaklaşık 0,5 ila 10 kb, PCR ürünleri ve plazmitler için olağan seçim
- %1,5: yaklaşık 0,2 ila 3 kb
- %2: yaklaşık 50 bp ila 2 kb
Miktarları hesapla
Jel yüzdesi, 100 mL tampondaki agaroz gramıdır: gram = % × hacim (mL) ÷ 100. 50 mL’lik %1’lik bir jel 0,5 g ister. Tamponu bir stoktan 1× hazırla: 50 mL başına 1 mL 50× TAE ya da 5 mL 10× TBE. Tankta da aynı tamponu kullan.
Jeli dök
- Agarozu bir erlene tart ve 1× tamponu ekle.
- Mikrodalgada kısa aralıklarla, aralarında çalkalayarak, çözelti tamamen berrak olana ve yüzen tanecik kalmayana kadar ısıt. Yakından izle: aniden taşabilir.
- Yaklaşık 50 ila 60 °C’ye, yani erleni tutabilecek kadar soğumaya bırak.
- Jelde boyuyorsan DNA boyasını ekle, çalkala ve tarağı yerinde olan kalıba dök.
- 20 ila 30 dakika donmaya bırak, sonra tarağı dikkatle çıkar.
Yürüt
DNA pozitif (kırmızı) elektrota doğru yürüdüğü için jeli kuyucuklar negatif (siyah) elektrot tarafında olacak şekilde tanka koy ve üzerini tamponla ört. Yükleme boyasıyla karıştırılmış örnekleri bir DNA merdiveniyle yan yana yükle ve boya cephesi yolun üçte ikisine gelene kadar elektrotlar arasında cm başına yaklaşık 5 ila 8 voltla yürüt.
Hesaplayıcılar
Agaroz jel hesaplayıcı her yüzde ve hacim için agarozu, tamponu, suyu ve boyayı verir. Belirli miktarda DNA yüklemek için önce onu DNA derişimi hesaplayıcı ile ölç.