GC-состав
GC-состав — доля нуклеотидов G или C: (G + C) ÷ длина. В ATGCGC 4 из 6, или 66,7%. Пары G–C связаны тремя водородными связями вместо двух, поэтому богатая GC ДНК плавится при более высокой температуре, что важно для праймеров и зондов ПЦР. Статистика ДНК даёт число нуклеотидов, GC- и AT-состав и число динуклеотидов.
Молекулярная масса
Быстрая оценка для двухцепочечной ДНК — около 650 дальтон на пару нуклеотидов, для белков — около 110 дальтон на аминокислоту. Молекулярная масса ДНК и Молекулярная масса белка вместо этого складывают точные массы каждого нуклеотида или остатка.
Изоэлектрическая точка
Изоэлектрическая точка (pI) — pH, при котором у белка нет суммарного заряда. Её оценивают по числу кислых и основных остатков и pKa каждого. Разные наборы значений pKa дают ответы, различающиеся на несколько десятых, так что считайте результат ориентиром, например при выборе буфера для ионообменной хроматографии. Изоэлектрическая точка белка также даёт заряд при любом pH.
GRAVY
Средняя гидропатичность (GRAVY) — среднее значение гидропатичности Кайта — Дулиттла по всем остаткам. Положительные значения означают гидрофобность в целом, отрицательные — гидрофильность; мембранные белки обычно получают больше, чем растворимые. GRAVY белка также даёт гидропатичность каждого окна вдоль последовательности, где участки примерно из 20 гидрофобных остатков могут указывать на трансмембранные спирали.
CpG-островки
CpG-островки — участки, богатые динуклеотидами CG, часто рядом с промоторами генов у позвоночных. Распространённое определение — окно не меньше 200 нуклеотидов с GC-составом выше 50% и отношением наблюдаемых CpG к ожидаемым выше 0,6; Поиск CpG-островков использует эти настройки по умолчанию.
Частота использования кодонов
У большинства аминокислот несколько кодонов, и организмы предпочитают одни другим. Таблица частоты кодонов показывает, как часто используется каждый, на тысячу кодонов и как доля среди синонимов, что помогает при адаптации гена для экспрессии в другом организме. См. Частота использования кодонов, а для аминокислотного состава — Статистика белка.