Что такое ORF
Открытая рамка считывания — ряд кодонов, который начинается со старт-кодона и заканчивается первым стоп-кодоном (TAA, TAG или TGA) в той же рамке. Это часть последовательности, которая может транслироваться в белок. Настоящий ген — это ORF, но не каждая ORF — ген: короткие появляются случайно повсюду.
Шесть рамок считывания
Последовательность можно читать в трёх рамках на прямой цепи, начиная с основания 1, 2 или 3, и ещё в трёх на обратно-комплементарной. Ген на обратной цепи не виден в прямых рамках, поэтому поиск должен охватывать все шесть, если ориентация неизвестна.
Выбор настроек
- Старт-кодоны: ATG для эукариот и большинства поисков. Бактерии начинают больше чем каждый десятый ген с GTG и немногие с TTG, поэтому включайте их для бактериальной ДНК. «Любой кодон» находит рамки от стопа до стопа, что полезно для неполных последовательностей без старта.
- Минимальная длина: в случайной ДНК стоп-кодоны встречаются примерно каждые 21 кодон, поэтому порог в 100 кодонов убирает почти весь шум. Снижайте его для коротких пептидов или вирусных генов; повышайте для сканирования геномов.
- Генетический код: митохондриальные и некоторые бактериальные последовательности используют другие стоп- и старт-кодоны, поэтому выберите нужную таблицу.
Как выбрать настоящую
Самая длинная ORF обычно и есть ген, но проверьте: у настоящей кодирующей последовательности частота кодонов соответствует организму, белок правдоподобен, без длинных повторов одной аминокислоты, а у эукариотической мРНК вокруг старта есть контекст Козак (GCCACCATGG). В геномной ДНК интроны разбивают гены на части, поэтому поиск ORF работает на кДНК и бактериальных геномах, а не на генах со сплайсингом.
Найдите и транслируйте
- Вставьте последовательность в Поиск ORF и выберите рамки, старт-кодоны и минимальную длину.
- Каждая ORF выводится с рамкой, началом, концом, длиной и белковой последовательностью.
- Транслируйте выбранный участок в Трансляция ДНК в белок или посмотрите все шесть рамок сразу в Карта трансляции.