Идентичность и сходство
Оба числа считывают с выравнивания, столбец за столбцом. Процент идентичности — доля столбцов, где у двух последовательностей один и тот же остаток. Процент сходства учитывает ещё и столбцы, где остатки разные, но химически похожи, например лейцин против изолейцина или аспартат против глутамата. Сходство имеет смысл только для белков; для ДНК используют идентичность.
Знаменатель важен
Две последовательности с 90 идентичными столбцами можно описать как идентичные на 90% по выравниванию из 100 столбцов, на 75% по более длинной последовательности из 120 остатков или на 95% по 95 столбцам без гэпов. Инструменты различаются:
- BLAST делит на длину выравнивания с гэпами.
- EMBOSS Needle делает так же, но выводит гэпы отдельно.
- Некоторые инструменты делят на более короткую последовательность, что завышает число для короткого фрагмента, совпадающего с частью длинного белка.
Приводя число, указывайте, на что делили и было выравнивание глобальным или локальным.
Какие остатки сходны
Группы сходства обычно следуют положительным баллам матрицы BLOSUM62. Распространённые группы: I, L, V и M; F, Y и W; K, R и H; D и E; N и Q; S и T; A и G. Большинство инструментов показывают, какое правило они используют; инструмент «Идентичность и сходство» здесь отмечает идентичные и сходные столбцы отдельно.
Что означают числа
Два белка, идентичные больше чем на 30% по всей длине, почти всегда гомологичны и имеют общую укладку. Между 20 и 30% — «сумеречная зона», где выравнивание может быть настоящим или случайным, и лучшим ориентиром служит статистическое E-значение поиска по базе. ДНК быстрее расходится в синонимичных позициях, поэтому два гена, кодирующих почти идентичные белки, могут быть идентичны на уровне ДНК лишь на 70%.
Рассчитайте
- Выровняйте последовательности в Парное выравнивание белков или Парное выравнивание ДНК или вставьте уже готовое выравнивание.
- Вставьте выровненные последовательности в Идентичность и сходство. Инструмент считает идентичные и сходные столбцы и выводит оба процента с длиной выравнивания.