CpG olması gerekenden daha nadir
CpG, bir iplik boyunca bir sitozinin ardından bir guanin gelmesi demektir (p, aralarındaki fosfattır). %40 GC’li rastgele bir dizide CpG her 25 dinükleotitte bir görünmelidir, ama insan genomunun çoğunda yaklaşık beş kat daha az bulunur. CpG’deki metillenmiş sitozinler evrimsel zaman içinde timine mutasyona uğrar; bu yüzden CpG, metillenmemiş kalan bölgeler dışında her yerde yavaş yavaş kaybolmuştur.
CpG adası nedir
CpG adası, CpG’nin rastlantının öngördüğü kadar yaygın olduğu bir bölgedir. Gardiner-Garden ve Frommer’den (1987) gelen olağan ölçütler:
- en az 200 bp uzunluk,
- %50’nin üstünde GC içeriği,
- 0,6’nın üstünde gözlenen/beklenen CpG oranı; burada beklenen = (C sayısı × G sayısı) ÷ uzunluk.
Daha katı ölçütler (Takai ve Jones, 2002: 500 bp, %55 GC, oran 0,65), aksi halde eşiği geçen Alu tekrarlarını dışarıda bırakır. Neredeyse tüm temel işlev genleri dahil insan genlerinin yaklaşık %60’ının promotöründe bir CpG adası vardır.
Neden önemli
Promotör CpG adaları normalde metillenmemiştir ve gen transkripsiyona açıktır. Bir ada metillendiğinde gen susturulur; birçok tümör baskılayıcı gen kanserde böyle kapatılır ve damgalama ile X inaktivasyonu böyle işler. Bir dizide ada bulmak, bisülfit dizilemesi ya da metilasyona özgü PCR için bölge seçmenin ilk adımıdır.
Bir diziyi taramak
- Diziyi CpG adası bulucuya yapıştır.
- Pencereyi (200 bp standarttır), en düşük GC %’sini ve en düşük gözlenen/beklenen oranını ayarla.
- Araç pencereyi dizi boyunca kaydırır ve eşikleri karşılayan her bölgeyi konumu, uzunluğu, GC %’si ve oranıyla bildirir.
Eşiği geçen ve örtüşen pencereler tek bir adaya birleştirilir. Sınırda kalan sonuçlara güvenmeden önce onları daha katı ayarlarla kontrol et.
İlgili araçlar
DNA istatistikleri bir dizinin tamamının GC içeriğini ve dinükleotit sayımlarını verir, DNA desen bulma da her CG konumunu listeler.