ORF nedir
Açık okuma çerçevesi, bir başlangıç kodonuyla başlayan ve aynı çerçevedeki ilk durdurma kodonunda (TAA, TAG ya da TGA) biten bir kodon dizisidir. Bir dizinin proteine çevrilebilecek kısmıdır. Gerçek bir gen bir ORF’dir, ama her ORF bir gen değildir: kısa olanlar her yerde rastlantıyla ortaya çıkar.
Altı okuma çerçevesi
Bir dizi, ileri iplikte 1., 2. ya da 3. bazdan başlayarak üç çerçevede ve ters tamamlayıcısında üç çerçevede daha okunabilir. Ters iplikteki bir gen ileri çerçevelerde görünmez; bu yüzden yönü bilmiyorsan arama altı çerçeveyi de kapsamalıdır.
Ayarları seçmek
- Başlangıç kodonları: ökaryotlar ve aramaların çoğu için ATG. Bakteriler on gende birden fazlasını GTG, birkaçını da TTG ile başlatır; bu yüzden bakteri DNA’sında onları da ekle. “Herhangi bir kodon”, başlangıcı olmayan kısmi diziler için faydalı olan durdurmadan durdurmaya çerçeveler bulur.
- En küçük uzunluk: rastgele DNA’da durdurma kodonları rastlantıyla yaklaşık her 21 kodonda bir görünür; bu yüzden 100 kodonluk bir sınır gürültünün çoğunu kaldırır. Kısa peptitler ya da viral genler için düşür; genom ölçeğindeki taramalar için yükselt.
- Genetik kod: mitokondriyal ve bazı bakteri dizileri farklı durdurma ve başlangıç kodonları kullanır; bu yüzden doğru tabloyu seç.
Gerçek olanı seçmek
En uzun ORF genellikle gendir, ama onu kontrol et: gerçek bir kodlayıcı dizinin kodon kullanımı organizmaya uyar, tek bir amino asidin uzun dizilerini içermeyen makul bir protein verir ve ökaryot mRNA’sı için başlangıç çevresinde bir Kozak bağlamı (GCCACCATGG) bulunur. Genomik DNA’da intronlar genleri parçalara böler; bu yüzden ORF bulma, eklemlenmiş genlerde değil, cDNA’da ve bakteri genomlarında işe yarar.
Bul ve çevir
- Diziyi ORF bulucuya yapıştır, çerçeveleri, başlangıç kodonlarını ve en küçük uzunluğu seç.
- Her ORF, çerçevesi, başlangıcı, sonu, uzunluğu ve protein dizisiyle listelenir.
- Seçtiğin bir bölgeyi DNA’yı proteine çevir ile çevir ya da altı çerçeveyi birlikte Translasyon haritasında gör.