Araçlar neden kaynak gösterilir
Sonuçlar onları üreten yazılıma bağlıdır. Aracın adını, sürümünü ve ayarlarını belirtmek başkalarının çalışmayı yeniden yapmasını sağlar ve birçok dergi artık bunu zorunlu tutuyor.
Neler yazılmalı
- Aracın adı ve kurulu yazılımlar için sürümü.
- Nerede bulunabileceği: bir URL ya da onu tanımlayan makale.
- Varsayılanlardan değiştirdiğin ayarlar; genetik kod, PAM ya da hizalama puanlaması gibi.
- Değişebilecek web araçları için onu kullandığın tarih.
- Varsa bir RRID.
RRID nedir
Araştırma Kaynağı Tanımlayıcısı (Research Resource Identifier), bir antikor, hücre hattı, organizma ya da yazılım parçası için RRID:SCR_029096 gibi kalıcı bir kimliktir. Yazılım ve çevrimiçi araçların kimlikleri SCR_ ile başlar. Birçok dergi RRID ister, çünkü makaleler arasında aranabilir ve bir web sitesi taşındığında bozulmazlar. Onları SciCrunch kaynak kayıt defterinde bulabilirsin.
Örnekler
Primerlerin erime sıcaklıkları, PCR’da kullanılan tuz ve primer derişimleriyle Toolyard Primer Tm hesaplayıcı (https://webtoolyard.com/tr/primer-tm-calculator/, RRID:SCR_029096) ile hesaplandı; erişim tarihi 5 Ekim 2026.
Kılavuz RNA’lar, NGG PAM kullanılarak Toolyard CRISPR kılavuz bulucu (RRID:SCR_029096) ile seçildi ve hedef dışı bölgeler için GRCh38 genomuna karşı kontrol edildi.
Ters tamamlayıcı, CRISPR kılavuz bulucu ve Molarite hesaplayıcı gibi her Toolyard aracı aynı RRID ile kaynak gösterilebilir.
Kaynakçada
Stillerin çoğu bir web aracını yazılım gibi ele alır. APA stilinde, sayfa değişebileceği için bir erişim tarihiyle:
Toolyard. (t.y.). Primer Tm calculator [Web uygulaması]. 5 Ekim 2026 tarihinde https://webtoolyard.com/tr/primer-tm-calculator/ adresinden alındı.
Numaralı kaynak kullanan dergiler genellikle aynı parçaları ister: aracın adı, site, URL ve erişim tarihi. Farklı olduğu yerde derginin kendi talimatlarına uy.
Makalede nereye konur
Aracı yöntem bölümünde, kullanıldığı adımın yanında, ayarlarıyla birlikte belirt. Tam kaynağı kaynakçaya, RRID’yi de yöntem bölümüne ya da dergide varsa bir kilit kaynaklar tablosuna koy.
Yaygın hatalar
- Yalnızca ana sayfayı kaynak göstermek. Okur doğru sayfaya düşsün diye gerçekten kullandığın aracın adresini ver.
- Ayarları atlamak. “Primerler çevrimiçi tasarlandı” tekrarlanamaz. Tuz derişimini, PAM’i, genetik kodu ya da değiştirdiğin her şeyi belirt.
- Çıktıyı söylemeden düzenlemek. Bir sonucu elle ayarladıysan, örneğin bir primeri kısalttıysan, neyi değiştirdiğini söyle.