Özdeşlik ve benzerlik
İkisi de bir hizalamadan sütun sütun okunur. Yüzde özdeşlik, iki dizinin aynı kalıntıya sahip olduğu sütunların payıdır. Yüzde benzerlik, lösine karşı izolösin ya da aspartata karşı glutamat gibi kalıntıların farklı ama kimyasal olarak benzer olduğu sütunları da sayar. Benzerlik yalnızca proteinler için anlamlıdır; DNA’da kullanılacak sayı özdeşliktir.
Bölen önemlidir
90 özdeş sütunu olan iki dizi, 100 sütunluk bir hizalamada %90 özdeş, 120 kalıntılık uzun diziye göre %75 ya da boşluk olmayan 95 sütuna göre %95 olarak bildirilebilir. Araçlar farklılaşır:
- BLAST, boşluklar dahil hizalama uzunluğuna böler.
- EMBOSS Needle aynısını yapar ama boşlukları ayrıca bildirir.
- Bazı araçlar kısa diziye böler; bu da uzun bir proteinin bir kısmıyla eşleşen kısa bir parçada sayıyı şişirir.
Bir değer verirken neye bölündüğünü ve hizalamanın küresel mi yerel mi olduğunu belirt.
Hangi kalıntılar benzer
Benzerlik grupları genellikle BLOSUM62 matrisindeki pozitif puanları izler. Yaygın gruplar: I, L, V ve M; F, Y ve W; K, R ve H; D ve E; N ve Q; S ve T; A ve G. Çoğu araç kullandığı kuralı görmene izin verir; buradaki Özdeşlik ve benzerlik aracı özdeş sütunları ve benzer olanları ayrı ayrı işaretler.
Sayılar ne anlama gelir
Tüm uzunlukları boyunca %30’un üstünde özdeş iki protein neredeyse her zaman homologtur ve aynı katlanmayı paylaşır. %20 ile %30 arası, bir hizalamanın gerçek ya da rastlantı olabildiği alacakaranlık kuşağıdır ve bir veri tabanı aramasının istatistiksel E değeri daha iyi bir kılavuzdur. DNA sessiz konumlarda daha hızlı ayrışır; bu yüzden neredeyse aynı proteinleri kodlayan iki gen DNA düzeyinde yalnızca %70 özdeş olabilir.
Hesapla
- Dizileri Protein ikili hizalama ya da DNA ikili hizalama ile hizala ya da elindeki bir hizalamayı yapıştır.
- Hizalanmış dizileri Özdeşlik ve benzerlike yapıştır. Özdeş ve benzer sütunları sayar ve iki yüzdeyi hizalama uzunluğuyla birlikte bildirir.