ペアワイズアラインメント
2本の DNA・タンパク質配列をアラインする方法
- DNA かタンパク質を選び、2本の配列を貼り付けます。
- ギャップ開始と伸長のペナルティを、DNA の場合は一致と不一致のスコアも設定します。一方の配列がもう一方の中に含まれるなら、末端ギャップを無料にするにチェックを入れます。
- アラインをクリックすると、同一性、ギャップ、スコア(タンパク質では類似性も)とともにアラインメントが表示されます。
よくある質問
どの手法を使っていますか？
アフィンギャップペナルティによるグローバルアラインメント（Needleman-Wunsch）です。長いギャップ1つのほうが短いギャップ多数よりコストが低くなります。
どのスコア行列を使いますか？
BLOSUM62 を使い、アフィンギャップペナルティによるグローバルアラインメント（Needleman-Wunsch）を行います。
行の間の記号は何ですか？
縦棒は同一の残基、コロンは類似した残基を表します。
配列はどのくらいの長さまで扱えますか？
アラインメント全体をブラウザ内で計算するため、およそ 5,000 × 5,000 文字までです。
配列はアップロードされますか？
いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。